SAXSdb — 2is1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2is1
沉积日期 deposition_date	2006-10-16
结构标题 title	Crystal structure of UvrD-DNA-SO4 complex
关键词 keywords	DNA helicase, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.95 Å
零角强度 I(0) i0	433612000.00
分子量 molecular_weight	155760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187890 Å³
包络体积 envelope_volume	268390 Å³
水化壳体积 shell_volume	51182 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.91 Å
包络 Rg envelope_rg	45.62 Å
形状 Rg shape_rg	46.91 Å
总 Rg total_rg	47.08 Å
总原子数 total_atoms	10841
残基数 n_residues	1324
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.9 Å
Rg (实空间) rg_real	46.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	433300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.589; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.785; Smooth: 0.687

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPCPAPGPTPGPCPTPCPGPTPTPTPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	5190.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	10896

GCAGTGCTCGTTTTTTT

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPGPAPGPCPAPCPTPGPC)-3'
分子量 formula_weight	3030.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

CGAGCACTGC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA helicase II
分子量 formula_weight	77797.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
突变 mutation	A399V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MDVSYLLDSLNDKQREAVAAPRSNLLVLAGAGSGKTRVLVHRIAWLMSVENCSPYSIMAVTFTNKAAAEMRHRIGQLMGTSQGGMWVGTFHGLAHRLLRAHHMDANLPQDFQILDSEDQLRLLKRLIKAMNLDEKQWPPRQAMWYINSQKDEGLRPHHIQSYGNPVEQTWQKVYQAYQEACDRAGLVDFAELLLRAHELWLNKPHILQHYRERFTNILVDEFQDTNNIQYAWIRLLAGDTGKVMIVGDDDQSIYGWRGAQVENIQRFLNDFPGAETIRLEQNYRSTSNILSAANALIENNNGRLGKKLWTDGADGEPISLYCAFNELDEARFVVNRIKTWQDNGGALAECAILYRSNAQSRVLEEALLQASMPYRIYGGMRFFERQEIKDALSYLRLIVNRNDDAAFERVVNTPTRGIGDRTLDVVRQTSRDRQLTLWQACRELLQEKALAGRAASALQRFMELIDALAQETADMPLHVQTDRVIKDSGLRTMYEQEKGEKGQTRIENLEELVTATRQFSYNEEDEDLMPLQAFLSHAALEAGEGQADTWQDAVQLMTLHSAKGLEFPQVFIVGMEEGMFPSQMSLDEGGRLEEERRLAYVGVTRAMQKLTLTYAETRRLYGKEVYHRPSRFIGELPEECVEEVRLRATVSRPVSHQRMGTPMVENDSGYKLGQRVRHAK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2is1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2is1A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	2is1A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2is1A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	486 — PCRA; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PCRA; domain 4

结构域编号 domain_id	2is1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2is1B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	2is1B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2is1B04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	486 — PCRA; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PCRA; domain 4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	152.451 Å
晶胞边长 b length_b	94.490 Å
晶胞边长 c length_c	136.443 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.760 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2950

fit	/app/data/saxs_computation/is/2is1/2is1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/2is1/2is1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/2is1/2is1.dat

Crystal structure of UvrD-DNA-SO4 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)