SAXSdb — 2it7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin inhibitor 2

物种未注明

UniProt P12071

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–28	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 2.7；285 K；压力 1 NMR测量条件：pH 2.7；300 K；压力 1 NMR样品组成：4mM EETI-II, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：4mM EETI-II, D2O \| D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IT7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H9H COMPLEX OF EETI-II WITH PORCINE TRYPSIN 提交 2001-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–30（30 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.50 Å R-free 0.276
1H9I COMPLEX OF EETI-II MUTANT WITH PORCINE TRYPSIN 提交 2001-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–30（30 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.90 Å R-free 0.175
1W7Z Crystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium trypsin inhibitor (EETI-II) 提交 2004-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–31（31 aa）链 B 1–31（31 aa）链 C 1–31（31 aa）链 D 1–31（31 aa）链 E 1–31（31 aa）链 F 1–31（31 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6	分辨率 1.67 Å R-free 0.235
1W7Z Crystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium trypsin inhibitor (EETI-II) 提交 2004-09-14	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–31（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6	分辨率 1.67 Å R-free 0.235
1W7Z Crystal structure of the free (uncomplexed) Ecballium elaterium trypsin inhibitor (EETI-II) 提交 2004-09-14	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–31（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；2M NA-FORMATE 0.1 M NA-ACETATE PH 4.6	分辨率 1.67 Å R-free 0.235
2C4B Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A 提交 2005-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–29（14 aa）	突变：YES	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 7 UNX UNKNOWN LIGAND × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.	分辨率 1.30 Å R-free 0.164
2C4B Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A 提交 2005-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–29（14 aa）	突变：YES	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 FMT FORMIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.	分辨率 1.30 Å R-free 0.164
2ETI USE OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS IN WATER TO DETERMINE THREE-DIMENSIONAL PROTEIN STRUCTURE: PREDICTION OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ECBALLIUM ELATERIUM TRYPSIN INHIBITOR II 提交 1991-07-15	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–28（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2LET AN 1H NMR DETERMINATION OF THE THREE DIMENSIONAL STRUCTURES OF MIRROR IMAGE FORMS OF A LEU-5 VARIANT OF THE TRYPSIN INHIBITOR ECBALLIUM ELATERIUM (EETI-II) 提交 1994-01-04	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–28（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITR2_ECBEL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–28； UniProt 1–28

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2it7
沉积日期 deposition_date	2006-10-19
结构标题 title	Solution structure of the squash trypsin inhibitor EETI-II
关键词 keywords	PLANT PROTEIN, KNOTTIN, CYSTINE-KNOT, 3-10 HELIX, TRIPLE-STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET; PLANT PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	7.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	8.02 Å
零角强度 I(0) i0	143328000.00
分子量 molecular_weight	87164.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103630 Å³
包络体积 envelope_volume	5858 Å³
水化壳体积 shell_volume	5734 Å³
包络直径 envelope_diameter	33.4 Å
壳层 Rg shell_rg	14.18 Å
包络 Rg envelope_rg	9.99 Å
形状 Rg shape_rg	8.07 Å
总 Rg total_rg	8.01 Å
总原子数 total_atoms	11460
残基数 n_residues	840
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	29.0 Å
Rg (实空间) rg_real	7.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	7.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7743
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	8.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	0.340
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5461.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.516; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.667; Smooth: 0.875

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2it7a1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family family	g.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Trypsin inhibitor 2
分子量 formula_weight	2907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11460

fit	/app/data/saxs_computation/it/2it7/2it7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/it/2it7/2it7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/it/2it7/2it7.dat

Solution structure of the squash trypsin inhibitor EETI-II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin inhibitor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)