SAXSdb — 2iuc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2iuc
沉积日期 deposition_date	2006-06-01
结构标题 title	Structure of alkaline phosphatase from the Antarctic bacterium TAB5
关键词 keywords	HYDROLASE, ALKALINE PHOSPHATASE, COLD ADAPTATION, PSYCROPHILES; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.89 Å
零角强度 I(0) i0	87319800.00
分子量 molecular_weight	72749.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90407 Å³
包络体积 envelope_volume	102140 Å³
水化壳体积 shell_volume	32075 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.06 Å
包络 Rg envelope_rg	27.27 Å
形状 Rg shape_rg	26.87 Å
总 Rg total_rg	27.60 Å
总原子数 total_atoms	5106
残基数 n_residues	682
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	87320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.178
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ALKALINE PHOSPHATASE
分子量 formula_weight	40301.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5544

MKLKKIVFTLIALGLFSCKTTSVLVKNEPQLKTPKNVILLISDGAGLSQISSTFYFKEGTPNYTQFKNIGLIKTSSSREDVTDSASGATAFSCGIKTYNAAIGVADDSTAVKSIVEIAALNNIKTGVVATSSITHATPASFYAHALNRGLEEEIAMDMTESDLDFFAGGGLNYFTSRKDKKDVLAILKGNQFTINTTGLTDFSSIASNRKMGFLLADEAMPTMESGRGNFLSAATDLAIQFLSKDNSAFFIMSEGSQIDWGGHANNASYLISEINDFDDAIGTALAFAKKDGNTLVIVTSDHETGGFTLAAKKNKREDGSEYSDYTSIGPSFSTGGHSATLIPVFAYGPGSEEFIGIYENNEIFHKILKVTKWNQ

来源 Source

来源生物 organism	ANTARCTIC BACTERIUM TAB5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	82349
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	ALKALINE PHOSPHATASE
分子量 formula_weight	40161.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLKKIVFTLIALGLFSCKTTSVLVKNEPQLKTPKNVILLISDGAGLSQISSTFYFKSGTPNYTQFKNIGLIKTSSSREDVTDSASGATAFSCGIKTYNAAIGVADDSTAVKSIVEIAALNSIKTGVVATSSITHATPASFYAHALNRGLEEEIAMDMTESDLDFFAGGGLNYFTSRSDSKDVLAILKGNQFTINTTGLTDFSSIASNRKMGFLLADEAMPTMEKGRGNFLSAATDLAIQFLSKDNSAFFIMSEGSQIDWGGHANNASYLISEINDFDDAIGTALAFAKSDGNTLVIVTSDHETGGFTLAAKSNKREDGSEYSDYTEIGPTFSTGGHSATLIPVFAYGPGSEEFIGIYENNEIFHKILKVTKWNQ

来源 Source

来源生物 organism	ANTARCTIC BACTERIUM TAB5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	82349
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	438

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2iucA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Alkaline Phosphatase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alkaline Phosphatase, subunit A

结构域编号 domain_id	2iucB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Alkaline Phosphatase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alkaline Phosphatase, subunit A

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.043 Å
晶胞边长 b length_b	173.184 Å
晶胞边长 c length_c	55.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	8.740 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/iu/2iuc/2iuc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iu/2iuc/2iuc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iu/2iuc/2iuc.dat

Structure of alkaline phosphatase from the Antarctic bacterium TAB5

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)