2iyb

Structure of complex between the 3rd LIM domain of TES and the EVH1 domain of Mena

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN ENABLED HOMOLOG

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TESTIN × 1 （Q9UGI8） ZINC ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TESTIN × 1 （Q9UGI8） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TESTIN × 1 （Q9UGI8） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TESTIN × 1 （Q9UGI8） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENAH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–114； UniProt 1–113 作者链 B； PDB构建体 2–114； UniProt 1–113 作者链 C； PDB构建体 2–114； UniProt 1–113 作者链 D； PDB构建体 2–114； UniProt 1–113

TESTIN

HOMO SAPIENS

UniProt Q9UGI8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN ENABLED HOMOLOG × 1 （Q8N8S7） ZINC ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN ENABLED HOMOLOG × 1 （Q8N8S7） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN ENABLED HOMOLOG × 1 （Q8N8S7） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN ENABLED HOMOLOG × 1 （Q8N8S7） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TES_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–65； UniProt 357–421 作者链 F； PDB构建体 1–65； UniProt 357–421 作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 357–421 作者链 H； PDB构建体 1–65； UniProt 357–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2iyb
沉积日期 deposition_date	2006-07-14
结构标题 title	Structure of complex between the 3rd LIM domain of TES and the EVH1 domain of Mena
关键词 keywords	;LIM DOMAIN, SH3-BINDING, TUMOUR SUPRESSOR LIM DOMAIN EVH1 DOMAIN CELL MOTILITY, PHOSPHORYLATION, CYTOSKELETON, ACTIN-BINDING, METAL-BINDING ;; METAL-BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2iyb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2iyb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2iyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.47 Å
Rg（电子密度）	16.55 Å
总 Rg	17.56 Å
原子数	1361
残基数	178
排除体积	24019 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2iyb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2iyb__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2iyb__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2iyb__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN ENABLED HOMOLOG
分子量 formula_weight	12842.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5780

RMSEQSICQARAAVMVYDDANKKWVPAGGSTGFSRVHIYHHTGNNTFRVVGRKIQDHQVVINCAIPKGLKYNQATQTFHQWRDARQVYGLNFGSKEDANVFASAMMHALEVLNS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TESTIN
分子量 formula_weight	7331.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

HAVVCQGCHNAIDPEVQRVTYNNFSWHASTECFLCSCCSKCLIGQKFMPVEGMVFCSVECKKRMS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	384

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2iyba2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

结构域编号 domain_id	d2iyba3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2iybb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

结构域编号 domain_id	d2iybc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

结构域编号 domain_id	d2iybd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2iybA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2iybB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2iybC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2iybD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2iybE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	2iybF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	2iybG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	2iybH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

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晶胞边长 a length_a	66.548 Å
晶胞边长 b length_b	292.927 Å
晶胞边长 c length_c	37.126 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	64.960 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2590

Structure of complex between the 3rd LIM domain of TES and the EVH1 domain of Mena

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN ENABLED HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TESTIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2iyb__assembly_1__model_1

2iyb__assembly_1__model_1 | I(q)

2iyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of complex between the 3rd LIM domain of TES and the EVH1 domain of Mena

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN ENABLED HOMOLOG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TESTIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2iyb__assembly_1__model_1

2iyb__assembly_1__model_1 | I(q)

2iyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)