SAXSdb — 2j0r

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j0r
沉积日期 deposition_date	2006-08-04
结构标题 title	Structure of the haem-chaperone Proteobacteria-protein HemS
关键词 keywords	TRANSPORT PROTEIN, PROTEOBACTERIA, IRON TRANSPORT; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.69 Å
零角强度 I(0) i0	26969800.00
分子量 molecular_weight	39060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48646 Å³
包络体积 envelope_volume	57188 Å³
水化壳体积 shell_volume	23018 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.37 Å
包络 Rg envelope_rg	20.77 Å
形状 Rg shape_rg	20.68 Å
总 Rg total_rg	21.58 Å
总原子数 total_atoms	2752
残基数 n_residues	331
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9070
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5027000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HEMIN TRANSPORT PROTEIN HEMS
分子量 formula_weight	39244.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2901

MSKSIYEQYLQAKADNPGKYARDLATLMGISEAELTHSRVSHDAKRLKGDARALLAALEAVGEVKAITRNTYAVHEQMGRYENQHLNGHAGLILNPRNLDLRLFLNQWASAFTLTEETRHGVRHSIQFFDHQGDALHKVYVTEQTDMPAWEALLAQFITTENPELQLEPLSAPEVTEPTATDEAVDAEWRAMTDVHQFFQLLKRNNLTRQQAFRAVGNDLAYQVDNSSLTQLLNIAQQEQNEIMIFVGNRGCVQIFTGMIEKVTPHQDWINVFNQRFTLHLIETTIAESWITRKPTKDGFVTSLELFAADGTQIAQLYGQRTEGQPEQTQWRDQIARLNNKDIAA

来源 Source

来源生物 organism	YERSINIA ENTEROCOLITICA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	630
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DODECAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	546.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	134

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2j0ra1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.62 — Heme iron utilization protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.62.1 — Heme iron utilization protein-like
家族 Family family	e.62.1.1 — HemS/ChuS-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2j0rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1570 — Heme iron utilization protein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HemS/ChuS/ChuX like domains

结构域编号 domain_id	2j0rA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1570 — Heme iron utilization protein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HemS/ChuS/ChuX like domains

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	62.022 Å
晶胞边长 b length_b	68.269 Å
晶胞边长 c length_c	73.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.060 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/j0/2j0r/2j0r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/2j0r/2j0r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/2j0r/2j0r.dat

Structure of the haem-chaperone Proteobacteria-protein HemS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution