SAXSdb — 2j2j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBER PROTEIN

CANINE ADENOVIRUS 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 358–542 链 B； UniProt 358–542 链 D； UniProt 358–542	片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.15 M KBR, 30% PEG MONOMETHYL-ETHER 2000	分辨率 1.50 Å R-free 0.206
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 358–542 链 E； UniProt 358–542 链 F； UniProt 358–542	片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.15 M KBR, 30% PEG MONOMETHYL-ETHER 2000	分辨率 1.50 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2J2J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 H 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 I 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 E 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 F 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 M 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 N 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2J1K CAV-2 fibre head in complex with CAR D1 提交 2006-08-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 R 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 链 S 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 R 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 S 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 E 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 F 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 H 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 I 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2W9L CANINE ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE HEAD IN COMPLEX WITH CAR DOMAIN D1 AND SIALIC ACID 提交 2009-01-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 M 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 N 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL-ETHER 550, 0.1 M BICINE, PH 9, 0.1 M NACL	分辨率 2.91 Å R-free 0.254
2WBV Canine adenovirus 2 fibre head in complex with sialic acid 提交 2009-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 B 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 D 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 4000, 5% ISOPROPANOL, 0.1 M HEPES PH 7.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
2WBV Canine adenovirus 2 fibre head in complex with sialic acid 提交 2009-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 E 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542 链 F 358–542（185 aa）片段：FIBRE HEAD, RESIDUES 358-542	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 4000, 5% ISOPROPANOL, 0.1 M HEPES PH 7.4	分辨率 1.90 Å R-free 0.195

共 3 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBP_ADECT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–197； UniProt 358–542 作者链 B； PDB构建体 13–197； UniProt 358–542 作者链 C； PDB构建体 13–197； UniProt 358–542 作者链 D； PDB构建体 13–197； UniProt 358–542 作者链 E； PDB构建体 13–197； UniProt 358–542 作者链 F； PDB构建体 13–197； UniProt 358–542

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j2j
沉积日期 deposition_date	2006-08-16
结构标题 title	Canine adenovirus fibre head at 1.5 A resolution
关键词 keywords	FIBER PROTEIN, CANINE ADENOVIRUS, AD, CAR, KNOB, HEAD, FIBER FIBRE, ADENOVIRUS, COXSACKIEVIRUS, ADENOVIRUS RECEPTOR, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.89 Å
零角强度 I(0) i0	218673000.00
分子量 molecular_weight	120010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150130 Å³
包络体积 envelope_volume	179970 Å³
水化壳体积 shell_volume	42603 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.44 Å
包络 Rg envelope_rg	35.79 Å
形状 Rg shape_rg	35.91 Å
总 Rg total_rg	36.18 Å
总原子数 total_atoms	8436
残基数 n_residues	1092
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	218600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8408
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.405
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.693
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	71060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.719; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.888; Smooth: 0.882

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2j2ja_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j2jb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j2jc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j2jd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j2je_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j2jf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2j2jA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2j2jB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2j2jC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2j2jD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2j2jE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	2j2jF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.834 Å
晶胞边长 b length_b	88.547 Å
晶胞边长 c length_c	106.913 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	106.000 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.2060

描述 description	FIBER PROTEIN
分子量 formula_weight	21685.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	10007

Canine adenovirus fibre head at 1.5 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBER PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	CANINE ADENOVIRUS 2
通用名 common_name	CADV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10514
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1539

fit	/app/data/saxs_computation/j2/2j2j/2j2j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j2/2j2j/2j2j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j2/2j2j/2j2j.dat