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2j7w

;Dengue virus NS5 RNA dependent RNA polymerase domain complexed with 3' dGTP ;

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2j7w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2j7w
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id2j7w
沉积日期 deposition_date2006-10-17
结构标题 title;Dengue virus NS5 RNA dependent RNA polymerase domain complexed with 3' dGTP ;
关键词 keywordsNUCLEOSIDE BINDING SITE, RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE, DENGUE, FLAVIVIRUS, HIGH-THROUGHPUT ASSAY, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.80 Å
零角强度 I(0) i075039900.00
分子量 molecular_weight66148.0 kDa
排除体积 excluded_volume82090 ų
包络体积 envelope_volume101930 ų
水化壳体积 shell_volume32332 ų
包络直径 envelope_diameter86.8 Å
壳层 Rg shell_rg33.81 Å
包络 Rg envelope_rg25.63 Å
形状 Rg shape_rg25.80 Å
总 Rg total_rg26.62 Å
总原子数 total_atoms4643
残基数 n_residues571
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.6 Å
Rg (实空间) rg_real26.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real7.5040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75040000.0000
解质量估计 total_estimate0.9106
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.0 Å
偏度 Skewness skewness0.146
峰度 Kurtosis kurtosis-0.563
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14880000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.996
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2j7wA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2840 — Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain
结构域编号 domain_id2j7wA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)