2j7y

STRUCTURE OF 17-EPIESTRIOL-BOUND ESTROGEN RECEPTOR BETA LBD IN COMPLEX WITH LXXLL MOTIF FROM NCOA5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j7y
沉积日期 deposition_date	2006-10-17
结构标题 title	STRUCTURE OF 17-EPIESTRIOL-BOUND ESTROGEN RECEPTOR BETA LBD IN COMPLEX WITH LXXLL MOTIF FROM NCOA5
关键词 keywords	;RECEPTOR, ACTIVATOR, REPRESSOR, ZINC-FINGER, NUCLEAR RECEPTOR, TRANSCRIPTION FACTOR, NUCLEAR PROTEIN, PHOSPHORYLATION, STEROID-BINDING, COACTIVATOR, COREPRESSOR, DNA-BINDING, GLYCOPROTEIN, TRANSCRIPTION REGULATION, TRANSCRIPTION, METAL-BINDING, LIPID-BINDING ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.63 Å
零角强度 I(0) i0	11725200.00
分子量 molecular_weight	26978.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34441 Å³
包络体积 envelope_volume	38494 Å³
水化壳体积 shell_volume	18226 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.84 Å
包络 Rg envelope_rg	17.87 Å
形状 Rg shape_rg	17.61 Å
总 Rg total_rg	18.64 Å
总原子数 total_atoms	1882
残基数 n_residues	235
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8188
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2872000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ESTROGEN RECEPTOR BETA
分子量 formula_weight	28686.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2075

VKELLLSTLSPEQLVLTLLEAEPPNVLVSRPSMPFTEASMMMSLTKLADKELVHMIGWAKKIPGFVELSLLDQVRLLESCWMEVLMVGLMWRSIDHPGKLIFAPDLVLDRDEGKCVEGILEIFDMLLATTSRFRELKLQHKEYLCVKAMILLNSSMYPLASANQEAESSRKLTHLLNAVTDALVWVIAKSGISSQQQSVRLANLLMLLSHVRHISNKGMEHLLSMKCKNVVPVYDLLLEMLNAHTLRGYKSSISG

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 5
分子量 formula_weight	1937.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HPPAIQSLINLLADNRY

Entity 3 non-polymer

描述 description	(16ALPHA,17ALPHA)-ESTRA-1,3,5(10)-TRIENE-3,16,17-TRIOL
分子量 formula_weight	288.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	163

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2j7ya_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2j7yA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.640 Å
晶胞边长 b length_b	62.640 Å
晶胞边长 c length_c	171.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2130

fit	/app/data/saxs_computation/j7/2j7y/2j7y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j7/2j7y/2j7y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j7/2j7y/2j7y.dat

STRUCTURE OF 17-EPIESTRIOL-BOUND ESTROGEN RECEPTOR BETA LBD IN COMPLEX WITH LXXLL MOTIF FROM NCOA5

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)