SAXSdb — 2j9a

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j9a
沉积日期 deposition_date	2006-11-06
结构标题 title	blLAP in Complex with Microginin FR1
关键词 keywords	;HYDROLASE, LEUCINE AMINOPEPTIDASE, ACETYLATION, AMINOPEPTIDASE, MICROGININ, MICROCYSTINS, HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX METAL-BINDING, PROTEASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.03 Å
零角强度 I(0) i0	48074100.00
分子量 molecular_weight	54118.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67872 Å³
包络体积 envelope_volume	78999 Å³
水化壳体积 shell_volume	27659 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.02 Å
包络 Rg envelope_rg	24.50 Å
形状 Rg shape_rg	24.05 Å
总 Rg total_rg	24.76 Å
总原子数 total_atoms	3794
残基数 n_residues	488
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7743
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.494
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.137
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	CYTOSOL AMINOPEPTIDASE
分子量 formula_weight	52956.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.1, 3.4.11.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4501

TKGLVLGIYSKEKEEDEPQFTSAGENFNKLVSGKLREILNISGPPLKAGKTRTFYGLHEDFPSVVVVGLGKKTAGIDEQENWHEGKENIRAAVAAGCRQIQDLEIPSVEVDPCGDAQAAAEGAVLGLYEYDDLKQKRKVVVSAKLHGSEDQEAWQRGVLFASGQNLARRLMETPANEMTPTKFAEIVEENLKSASIKTDVFIRPKSWIEEQEMGSFLSVAKGSEEPPVFLEIHYKGSPNASEPPLVFVGKGITFDSGGISIKAAANMDLMRADMGGAATICSAIVSAAKLDLPINIVGLAPLCENMPSGKANKPGDVVRARNGKTIQVDNTDAEGRLILADALCYAHTFNPKVIINAATLTGAMDIALGSGATGVFTNSSWLWNKLFEASIETGDRVWRMPLFEHYTRQVIDCQLADVNNIGKYRSAGACTAAAFLKEFVTHPKWAHLDIAGVMTNKDEVPYLRKGMAGRPTRTLIEFLFRFSQESA

Entity 2 polymer

描述 description	MICROGININ FR1
分子量 formula_weight	542.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ALYY

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXYDECANOIC ACID
分子量 formula_weight	203.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	506

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2j9aa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.3 — Leucine aminopeptidase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2j9aa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.50.1 — Macro domain-like
家族 Family family	c.50.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2j9aA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	2j9aA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.982 Å
晶胞边长 b length_b	129.982 Å
晶胞边长 c length_c	120.813 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	35.000 Å
R 因子 r_factor	0.1460
R_work r_work	0.1450
R_free r_free	0.1730

fit	/app/data/saxs_computation/j9/2j9a/2j9a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/2j9a/2j9a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/2j9a/2j9a.dat

blLAP in Complex with Microginin FR1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)