2jaz

CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt Q03708

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 COLICIN E7 × 4 (Q47112) ZINC ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMM7_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–87; UniProt 1–87 作者链 C; PDB构建体 1–87; UniProt 1–87

COLICIN E7

ESCHERICHIA COLI

UniProt Q47112

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 COLICIN E7 IMMUNITY PROTEIN × 4 (Q03708) ZINC ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CEA7_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–131; UniProt 446–576 作者链 D; PDB构建体 1–131; UniProt 446–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jaz
沉积日期 deposition_date2006-12-01
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7
关键词 keywords;HYDROLASE/INHIBITOR, HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX, ZINC, TOXIN, PLASMID, NUCLEASE, HYDROLASE, ANTIBIOTIC, H-N-H MOTIF, BACTERIOCIN, ENDONUCLEASE, METAL-BINDING, ANTIMICROBIAL, DNA HYDROLYSIS, BACTERIOCIN IMMUNITY, HIS METAL FINGER MOTIF ;; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2jaz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2jaz__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2jaz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.57 Å
Rg(电子密度)29.30 Å
总 Rg30.09 Å
原子数6658
残基数822
排除体积117250 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2jaz__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2jaza_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family familya.28.2.1 — Colicin E immunity proteins
结构域编号 domain_idd2jazb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family familyd.4.1.1 — HNH-motif
结构域编号 domain_idd2jazc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family familya.28.2.1 — Colicin E immunity proteins
结构域编号 domain_idd2jazd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family familyd.4.1.1 — HNH-motif

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2jazA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Colicin E immunity protein
结构域编号 domain_id2jazB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Colicin/pyocin, DNase domain
结构域编号 domain_id2jazC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Colicin E immunity protein
结构域编号 domain_id2jazD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Colicin/pyocin, DNase domain
▶

7. 引用文献 (1)