SAXSdb — 2jmi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein YNG1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 141–219	片段：PHD finger	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；20 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成：0.54 mM [U-13C, U-15N] YNG1_PHD, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.6 mM [U-15N] YNG1_PHD, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.54 mM [U-13C, U-15N] YNG1_PHD, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JMI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JMJ NMR solution structure of the PHD domain from the yeast YNG1 protein in complex with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2006-11-15	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–219（79 aa）片段：PHD finger	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；20 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.52 mM [U-15N] YNG1_PHD, 2.5 mM H3(1-9)K4me3, 2 mM DTT, 50 mM potassium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.48 mM [U-13C; U-15N] YNG1_PHD, 2.5 mM H3(1-9)K4me3, 2 mM DTT, 50 mM potassium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 113–124（12 aa）片段：UNP residues 113-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 113–124（12 aa）片段：UNP residues 113-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 113–124（12 aa）片段：UNP residues 113-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
8U77 Crystal structure of Taf14 in complex with Yng1 提交 2023-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 113–124（12 aa）片段：UNP residues 113-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；40% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4	分辨率 1.93 Å R-free 0.221
9UUO The NuA3 histone acetyltransferase complex 提交 2025-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–219（219 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
9UUS The NuA3 histone acetyltransferase complex bound to acetyl-CoA and H3 tail 提交 2025-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–219（219 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 ACO ACETYL COENZYME *A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9VKW Cryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A 提交 2025-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–219（219 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ACO ACETYL COENZYME *A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YNG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–90； UniProt 141–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jmi
沉积日期 deposition_date	2006-11-15
结构标题 title	NMR solution structure of PHD finger fragment of Yeast Yng1 protein in free state
关键词 keywords	PHD, Histone, Recognition, Yeast, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.74 Å
零角强度 I(0) i0	316191000.00
分子量 molecular_weight	140350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	170750 Å³
包络体积 envelope_volume	19868 Å³
水化壳体积 shell_volume	11530 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.8 Å
壳层 Rg shell_rg	20.46 Å
包络 Rg envelope_rg	16.09 Å
形状 Rg shape_rg	11.78 Å
总 Rg total_rg	11.83 Å
总原子数 total_atoms	18520
残基数 n_residues	1200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.6 Å
Rg (实空间) rg_real	11.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	316200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7013
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	12.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.613
峰度 Kurtosis kurtosis	0.276
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42510.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.315; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.167; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2jmia_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2jmiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Protein YNG1
分子量 formula_weight	10269.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18520

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

NMR solution structure of PHD finger fragment of Yeast Yng1 protein in free state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein YNG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/jm/2jmi/2jmi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/2jmi/2jmi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/2jmi/2jmi.dat