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2jmr

NMR structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimF

Method: SOLUTION NMR Dmax: 65.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

fimF

Escherichia coli

UniProt P08189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–176 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；310.1 K NMR样品组成：1.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FimF, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2JMR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3BFQ Crystal structure of truncated FimG (FimGt) in complex with the donor strand peptide of FimF (DSF) 提交 2007-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 23–37（15 aa） 片段：sequence database residues 23-37
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 80 mM NaCl, 27.5% PEG 1500, 20 mM cobalt chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.34 Å R-free 0.179
3BFW Crystal structure of truncated FimG (FimGt) in complex with the donor strand peptide of FimF (DSF) 提交 2007-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–37（15 aa） 片段：sequence database residues 23-37
未记录 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 80 mM NaCl, 27.5% PEG 1500, 20 mM yttrium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.238
3BFW Crystal structure of truncated FimG (FimGt) in complex with the donor strand peptide of FimF (DSF) 提交 2007-11-23 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–37（15 aa） 片段：sequence database residues 23-37
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 80 mM NaCl, 27.5% PEG 1500, 20 mM yttrium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.238
3BWU Crystal structure of the ternary complex of FimD (N-Terminal Domain, FimDN) with FimC and the N-terminally truncated pilus subunit FimF (FimFt) 提交 2008-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 35–176（142 aa） 片段：N-terminal truncation construct of pilus subunit fimF, Residues 13-154
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20 mM Tris/HCl pH 8.0, 20% PEG 8000, 50 mM succinic acid pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.76 Å R-free 0.212
3JWN Complex of FimC, FimF, FimG and FimH 提交 2009-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 23–176（154 aa） 片段：UNP residues 23-176
链 F 23–176（154 aa） 片段：UNP residues 23-176
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.69 Å R-free 0.272
3JWN Complex of FimC, FimF, FimG and FimH 提交 2009-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 23–176（154 aa） 片段：UNP residues 23-176
链 L 23–176（154 aa） 片段：UNP residues 23-176
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.1；293 K；1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.69 Å R-free 0.272
4J3O Crystal structure of the FimD usher traversed by the pilus tip complex assembly composed of FimC:FimF:FimG:FimH 提交 2013-02-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 23–176（154 aa） 片段：UNP residues 21-176
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.6-2.0M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.80 Å R-free 0.299
5IQM Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitution Q134E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_T4R-T6R-D13N 提交 2016-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 23–37（15 aa） 片段：UNP residues 23-37
未记录 CO COBALT (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；MOPS-NaOH pH 7.0 (RT), PEG-1500, NaCl, CoCl2
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
5IQM Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitution Q134E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_T4R-T6R-D13N 提交 2016-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–37（15 aa） 片段：UNP residues 23-37
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；MOPS-NaOH pH 7.0 (RT), PEG-1500, NaCl, CoCl2
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
5IQN Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitution Q134E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_SRIRIRGYVR 提交 2016-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–34（10 aa） 片段：UNP residues 35-34
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；MOPS-NaOH pH 6.8 (RT), PEG-1500, CoCl2, NaCl
分辨率 1.00 Å R-free 0.146
5IQN Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitution Q134E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_SRIRIRGYVR 提交 2016-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 25–34（10 aa） 片段：UNP residues 35-34
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；MOPS-NaOH pH 6.8 (RT), PEG-1500, CoCl2, NaCl
分辨率 1.00 Å R-free 0.146
5IQO Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitutions Q134E and S138E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_T4R-T6R-D13N 提交 2016-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–37（15 aa） 片段：UNP residues 23-37
未记录 CO COBALT (II) ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；MOPS-NaOH pH 7.6 (RT), PEG-1500, CoCl2, NaCl
分辨率 1.30 Å R-free 0.170
5IQO Crystal structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimG (engineered variant with substitutions Q134E and S138E; N-terminal FimG residues 1-12 truncated) in complex with the donor strand peptide DsF_T4R-T6R-D13N 提交 2016-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–37（15 aa） 片段：UNP residues 23-37
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；MOPS-NaOH pH 7.6 (RT), PEG-1500, CoCl2, NaCl
分辨率 1.30 Å R-free 0.170
6E14 Handover mechanism of the growing pilus by the bacterial outer membrane usher FimD 提交 2018-07-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 22–176（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6E15 Handover mechanism of the growing pilus by the bacterial outer membrane usher FimD 提交 2018-07-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 22–176（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
9BOG Structural basis for adhesin secretion by the outer-membrane usher in type 1 pili 提交 2024-05-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 23–176（154 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
9FX0 Cryo-EM structure of the type 1 pilus tip-to-rod transition 提交 2024-07-01 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 23–176（154 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
9FY9 Cryo-EM structure of the type 1 chaperone-usher pilus FimD-tip complex (FimDHGFC) - Conformer 1 提交 2024-07-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 23–176（154 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–155； UniProt 23–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jmr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jmr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jmr
沉积日期 deposition_date2006-11-29
结构标题 titleNMR structure of the E. coli type 1 pilus subunit FimF
关键词 keywordsProtein, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.03 Å
零角强度 I(0) i02191180000.00
分子量 molecular_weight383030.0 kDa
排除体积 excluded_volume473440 ų
包络体积 envelope_volume49406 ų
水化壳体积 shell_volume20095 ų
包络直径 envelope_diameter71.5 Å
壳层 Rg shell_rg27.71 Å
包络 Rg envelope_rg22.12 Å
形状 Rg shape_rg18.00 Å
总 Rg total_rg18.27 Å
总原子数 total_atoms53380
残基数 n_residues3580
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.8 Å
Rg (实空间) rg_real18.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2191000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8237
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.9 Å
偏度 Skewness skewness0.514
峰度 Kurtosis kurtosis-0.219
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1155000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.633; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.831; Smooth: 0.975
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2jmrA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)