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2jnp

Solution structure of matrix metalloproteinase 3 (MMP-3) in the presence of N-isobutyl-N-[4-methoxyphenylsulfonyl]glycyl hydroxamic acid (NNGH)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 48.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-3

Homo sapiens

UniProt P08254

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 105–265 片段：residues 88-248 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Tris 0.02, NaCl 3；压力 ambient NMR样品组成：1 mM MMP3, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MMP3, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 15N] MMP3, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2JNP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B3D STROMELYSIN-1 提交 1998-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 S27 N-[[2-METHYL-4-HYDROXYCARBAMOYL]BUT-4-YL-N]-BENZYL-P-[PHENYL]-P-[METHYL]PHOSPHINAMID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20-24% PEG 8000, 2.5% 2-PROPANOL, 10 MM CACL2 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH 7.5-8.5, pH 7.4
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1B8Y X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATIONS FOR INHIBITOR SELECTIVITY 提交 1999-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–266（167 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 IN7 [4-(4-PHENYL-PIPERIDIN-1-YL)-BENZENESULFONYLAMINO]-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.214
1B8Y X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATIONS FOR INHIBITOR SELECTIVITY 提交 1999-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–266（167 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2 IN7 [4-(4-PHENYL-PIPERIDIN-1-YL)-BENZENESULFONYLAMINO]-ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.214
1BIW DESIGN AND SYNTHESIS OF CONFORMATIONALLY-CONSTRAINED MMP INHIBITORS 提交 1998-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 S80 N1-HYDROXY-2-(3-HYDROXY-PROPYL)-3-ISOBUTYL-N4-[1-(2-METHOXY-ETHYL)-2-OXO-AZEPAN-3-YL]-SUCCINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10 MG/ML PROTEIN IN 20-24% PEG 8000, 2.5% 2-PROPANOL, 10MM CACL2 AND 0.1M TRIS HCL BUFFER, PH 7.5-8.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.275
1BM6 SOLUTION STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN STROMELYSIN-1 COMPLEXED TO A POTENT NON-PEPTIDIC INHIBITOR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1998-07-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 HAV HYDROXYAMINOVALINE × 1 3MP 3-METHYLPYRIDINE × 1 MSB 1-METHYLOXY-4-SULFONE-BENZENE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；310 K
分辨率未提供
1BQO DISCOVERY OF POTENT, ACHIRAL MATRIX METALLOPROTEINASE INHIBITORS 提交 1998-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 N25 1,3-BIS-(4-METHOXY-BENZENESULFONYL)-5,5-DIMETHYL-HEXAHYDRO-PYRIMIDINE-2-CARBOXYLIC ACID HYDROXYAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.294
1BQO DISCOVERY OF POTENT, ACHIRAL MATRIX METALLOPROTEINASE INHIBITORS 提交 1998-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 N25 1,3-BIS-(4-METHOXY-BENZENESULFONYL)-5,5-DIMETHYL-HEXAHYDRO-PYRIMIDINE-2-CARBOXYLIC ACID HYDROXYAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.294
1BQO DISCOVERY OF POTENT, ACHIRAL MATRIX METALLOPROTEINASE INHIBITORS 提交 1998-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 9 N25 1,3-BIS-(4-METHOXY-BENZENESULFONYL)-5,5-DIMETHYL-HEXAHYDRO-PYRIMIDINE-2-CARBOXYLIC ACID HYDROXYAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.294
1C3I HUMAN STROMELYSIN-1 CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH RO-26-2812 提交 1999-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 TR1 2-(2-{2-[(BIPHENYL-4-YLMETHYL)-AMINO]-3-MERCAPTO-PENTANOYLAMINO}-ACETYLAMINO)-3-METHYL-BUTYRIC ACID METHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG, POTASSIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, CACODYLATE, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.83 Å
1C3I HUMAN STROMELYSIN-1 CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH RO-26-2812 提交 1999-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 TR1 2-(2-{2-[(BIPHENYL-4-YLMETHYL)-AMINO]-3-MERCAPTO-PENTANOYLAMINO}-ACETYLAMINO)-3-METHYL-BUTYRIC ACID METHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG, POTASSIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, CACODYLATE, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.83 Å
1C8T HUMAN STROMELYSIN-1 (E202Q) CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH RO-26-2812 提交 1999-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 103–269（167 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B 103–269（167 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
突变：E202Q, S252P 突变：E202Q, S252P ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 TR1 2-(2-{2-[(BIPHENYL-4-YLMETHYL)-AMINO]-3-MERCAPTO-PENTANOYLAMINO}-ACETYLAMINO)-3-METHYL-BUTYRIC ACID METHYL ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG, potassium chloride, calcium chloride, cacodylate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å
1CAQ X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXES WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATION FOR INHIBITOR SELECTIVITY 提交 1999-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–267（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 DPS 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-[4-(4-PHENYL-PIPERIDIN-1-YL)-BENZENESULFONYLAMINO]-PROPIONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.225
1CAQ X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXES WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATION FOR INHIBITOR SELECTIVITY 提交 1999-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–267（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2 DPS 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-[4-(4-PHENYL-PIPERIDIN-1-YL)-BENZENESULFONYLAMINO]-PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.225
1CIZ X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXES WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATION FOR INHIBITOR SELECTIVITY 提交 1999-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–267（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 DPS 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-[4-(4-PHENYL-PIPERIDIN-1-YL)-BENZENESULFONYLAMINO]-PROPIONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.64 Å R-free 0.245
1CIZ X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXES WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATION FOR INHIBITOR SELECTIVITY 提交 1999-04-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–267（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2 DPS 3-(1H-INDOL-3-YL)-2-[4-(4-PHENYL-PIPERIDIN-1-YL)-BENZENESULFONYLAMINO]-PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.64 Å R-free 0.245
1CQR CRYSTAL STRUCTURE OF THE STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1999-08-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20-24% PEG 8000, 2.5% 2-propanol, 10mM CaCl2, 0.1 M Tris-HCL buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1CQR CRYSTAL STRUCTURE OF THE STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1999-08-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20-24% PEG 8000, 2.5% 2-propanol, 10mM CaCl2, 0.1 M Tris-HCL buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1CQR CRYSTAL STRUCTURE OF THE STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1999-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20-24% PEG 8000, 2.5% 2-propanol, 10mM CaCl2, 0.1 M Tris-HCL buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1CQR CRYSTAL STRUCTURE OF THE STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1999-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa）
链 B 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20-24% PEG 8000, 2.5% 2-propanol, 10mM CaCl2, 0.1 M Tris-HCL buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1D5J CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A THIAZEPINE BASED INHIBITOR. 提交 1999-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 MM3 N-HYDROXY-4-[(4-METHOXYLPHENYL)SULFONYL]-2,2-DIMETHYL-HEXAHYDRO-1,4-THIAZEPINE-3(S)-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, NACL, MGCL2, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.257
1D5J CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A THIAZEPINE BASED INHIBITOR. 提交 1999-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 MM3 N-HYDROXY-4-[(4-METHOXYLPHENYL)SULFONYL]-2,2-DIMETHYL-HEXAHYDRO-1,4-THIAZEPINE-3(S)-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, NACL, MGCL2, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.257
1D7X CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A MODIFIED PROLINE SCAFFOLD BASED INHIBITOR. 提交 1999-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 SPC N-HYDROXY 1N(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL-4-(Z,E-N-METHOXYIMINO)PYRROLIDINE-2R-CARBOXAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, SODIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.227
1D8F CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A PIPERAZINE BASED INHIBITOR. 提交 1999-10-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
1D8F CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A PIPERAZINE BASED INHIBITOR. 提交 1999-10-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 SPI N-HYDROXY-1-(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL-4-BENZYLOXYCARBONYL-PIPERAZINE-2-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
1D8M CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A HETEROCYCLE-BASED INHIBITOR 提交 1999-10-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.44 Å R-free 0.315
1D8M CRYSTAL STRUCTURE OF MMP3 COMPLEXED WITH A HETEROCYCLE-BASED INHIBITOR 提交 1999-10-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 BBH 1-BENZYL-3-(4-METHOXY-BENZENESULFONYL)-6-OXO-HEXAHYDRO-PYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID HYDROXYAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.44 Å R-free 0.315
1G05 HETEROCYCLE-BASED MMP INHIBITOR WITH P2'SUBSTITUENTS 提交 2000-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.45 Å R-free 0.293
1G05 HETEROCYCLE-BASED MMP INHIBITOR WITH P2'SUBSTITUENTS 提交 2000-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 BBH 1-BENZYL-3-(4-METHOXY-BENZENESULFONYL)-6-OXO-HEXAHYDRO-PYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID HYDROXYAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.45 Å R-free 0.293
1G49 A CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR IN COMPLEX WITH MMP3 提交 2000-10-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, NaCl, MgCl2, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1G49 A CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR IN COMPLEX WITH MMP3 提交 2000-10-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 111 (1N)-4-N-BUTOXYPHENYLSULFONYL-(2R)-N-HYDROXYCARBOXAMIDO-(4S)-METHANESULFONYLAMINO-PYRROLIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, NaCl, MgCl2, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1G4K X-ray Structure of a Novel Matrix Metalloproteinase Inhibitor Complexed to Stromelysin 提交 2000-10-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 83–250（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 HQQ 5-METHYL-5-(4-PHENOXY-PHENYL)-PYRIMIDINE-2,4,6-TRIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG-MME 5000, ammonium sulfate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.284
1G4K X-ray Structure of a Novel Matrix Metalloproteinase Inhibitor Complexed to Stromelysin 提交 2000-10-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 83–250（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 HQQ 5-METHYL-5-(4-PHENOXY-PHENYL)-PYRIMIDINE-2,4,6-TRIONE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG-MME 5000, ammonium sulfate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.284
1G4K X-ray Structure of a Novel Matrix Metalloproteinase Inhibitor Complexed to Stromelysin 提交 2000-10-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 83–250（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 HQQ 5-METHYL-5-(4-PHENOXY-PHENYL)-PYRIMIDINE-2,4,6-TRIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG-MME 5000, ammonium sulfate, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.284
1HFS CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THE N-CARBOXY-ALKYL INHIBITOR L-764,004 提交 1997-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 105–264（160 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 L04 6-(4'-FLUORO-BIPHENYL-4-YL)-4-(3-METHYL-1-PHENYLCARBAMOYL-BUTYLCARBAMOYL)-2-[4-(1-OXO-1,3-DIHYDRO-ISOINDOL-2-YL)-BUTYL]-HEXANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.217
1HY7 A CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR IN COMPLEX WITH MMP3 提交 2001-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 100-272
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.220
1HY7 A CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR IN COMPLEX WITH MMP3 提交 2001-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 100-272
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 MBS R-2-{[4'-METHOXY-(1,1'-BIPHENYL)-4-YL]-SULFONYL}-AMINO-6-METHOXY-HEX-4-YNOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.220
1HY7 A CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR IN COMPLEX WITH MMP3 提交 2001-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 100-272
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 100-272
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 MBS R-2-{[4'-METHOXY-(1,1'-BIPHENYL)-4-YL]-SULFONYL}-AMINO-6-METHOXY-HEX-4-YNOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.220
1HY7 A CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR IN COMPLEX WITH MMP3 提交 2001-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 100-272
链 B 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 100-272
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 MBS R-2-{[4'-METHOXY-(1,1'-BIPHENYL)-4-YL]-SULFONYL}-AMINO-6-METHOXY-HEX-4-YNOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, sodium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.220
1OO9 Orientation in Solution of MMP-3 Catalytic Domain and N-TIMP-1 from Residual Dipolar Couplings 提交 2003-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–267（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.7；307 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2;1mM Sodium Azide；压力 ambient
NMR样品组成 0.8mM MMP-3 U-15N, 13C; 0.8mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.5mM MMP-3 U-2H, 15N; 0.5mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.66mM N-TIMP-1 U-15N, 13C; 0.66mM MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM MMP-3 (E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol | 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol
分辨率未提供
1QIA CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1QIA CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1QIA CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1QIA CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1QIA CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
链 C 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1QIA CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
链 D 106–267（162 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 89-250
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1QIC CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 106–266（161 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 89-249
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1QIC CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 106–266（161 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 89-249
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1QIC CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 106–266（161 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 89-249
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1QIC CRYSTAL STRUCTURE OF STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-06-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 106–266（161 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 89-249
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.270
1SLM CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST STROMELYSIN-1: THE C-TRUNCATED HUMAN PROENZYME 提交 1995-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 18–272（255 aa） 片段：PROPEPTIDE, CATALYTIC
未记录 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. 2.0 MICROLITER DROPS OF PROENZYME SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 5.0 MILLIMOLAR CALCIUM CHLORIDE, 50 MICROMOLAR ZINC ACETATE, 0.02% SODIUM AZIDE, 20 MILLIMOLAR MES, PH 6.5, 0.02 MOLE INHIBITOR PER MOLE PROENZYME) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR BUFFER (14% PEG-6000, 5% SATURATED SODIUM CITRATE, 0.02% SODIUM AZIDE, 0.1 M CACODYLATE, PH 5.8) AND INCUBATED AT 4 DEGREES CENTIGRADE., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
1SLN CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THE N-CARBOXY-ALKYL INHIBITOR L-702,842 提交 1995-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 255
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 8MI N-(R-CARBOXY-ETHYL)-ALPHA-(S)-(2-PHENYLETHYL)GLYCYL-L-ARGININE-N-PHENYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.54；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. 1.5 MICROLITER DROPS OF ENZYME:INHIBITOR SOLUTION (9 MG/ML ENZYME, 1.5 MILLIMOLAR INHIBITOR, 5.0 MILLIMOLAR CALCIUM CHLORIDE, 0.02% SODIUM AZIDE, 20 MILLIMOLAR TRIS HYDROCHLORIDE, PH 7.5) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR BUFFER (10% PEG-6000, 15% SATURATED AMMONIUM ACETATE 0.02% SODIUM AZIDE, 0.1 M CACODYLATE, PH 5.54) AND INCUBATED AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.27 Å R-free 0.299
1UEA MMP-3/TIMP-1 COMPLEX 提交 1997-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1UEA MMP-3/TIMP-1 COMPLEX 提交 1997-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 100–272（173 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1UMS STROMELYSIN-1 CATALYTIC DOMAIN WITH HYDROPHOBIC INHIBITOR BOUND, PH 7.0, 32OC, 20 MM CACL2, 15% ACETONITRILE; NMR ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES 提交 1995-10-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–273（174 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 256
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 0DS N-{(2R)-2-[2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-4-methylpentanoyl}-L-leucyl-L-phenylalaninamide × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1UMT Stromelysin-1 catalytic domain with hydrophobic inhibitor bound, ph 7.0, 32oc, 20 mm cacl2, 15% acetonitrile; nmr average of 20 structures minimized with restraints 提交 1995-10-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–273（174 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 256
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 0DS N-{(2R)-2-[2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-4-methylpentanoyl}-L-leucyl-L-phenylalaninamide × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；305 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.0-1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] double labeled SCD, 10 mM Tris-d11.HCl, 20 mM CaCl2, 15% acetonitrile-d3, 92% H2O/8% D2O | 92% H2O/8% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] double labeled SCD, 10 mM Tris-d11.HCl, 20 mM CaCl2, 15% acetonitrile-d3, 92% H2O/8% D2O | 92% H2O/8% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-99% 15N] N15 labeled SCD, 10 mM Tris-d11.HCl, 20 mM CaCl2, 15% acetonitrile-d3, 92% H2O/8% D2O | 92% H2O/8% D2O
分辨率未提供
1USN CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THIADIAZOLE INHIBITOR PNU-142372 提交 1998-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–264（165 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 247
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 3 IN9 2-[3-(5-MERCAPTO-[1,3,4]THIADIAZOL-2YL)-UREIDO]-N-METHYL-3-PENTAFLUOROPHENYL-PROPIONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.80 Å
1USN CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THIADIAZOLE INHIBITOR PNU-142372 提交 1998-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 100–264（165 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 247
未记录 ZN ZINC ION × 9 CA CALCIUM ION × 9 IN9 2-[3-(5-MERCAPTO-[1,3,4]THIADIAZOL-2YL)-UREIDO]-N-METHYL-3-PENTAFLUOROPHENYL-PROPIONAMIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.80 Å
1USN CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THIADIAZOLE INHIBITOR PNU-142372 提交 1998-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–264（165 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 247
未记录 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 6 IN9 2-[3-(5-MERCAPTO-[1,3,4]THIADIAZOL-2YL)-UREIDO]-N-METHYL-3-PENTAFLUOROPHENYL-PROPIONAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.80 Å
2D1O Stromelysin-1 (MMP-3) complexed to a hydroxamic acid inhibitor 提交 2005-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–270（171 aa） 片段：C-Terminal catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 FA4 SM-25453 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG400, MPD, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.02 Å R-free 0.206
2D1O Stromelysin-1 (MMP-3) complexed to a hydroxamic acid inhibitor 提交 2005-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–270（171 aa） 片段：C-Terminal catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 FA4 SM-25453 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG400, MPD, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.02 Å R-free 0.206
2JT5 solution structure of matrix metalloproteinase 3 (MMP-3) in the presence of n-hydroxy-2-[n-(2-hydroxyethyl)biphenyl-4-sulfonamide] hydroxamic acid (MLC88) 提交 2007-07-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 105–265（161 aa） 片段：sequence database residues 105-265
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 JT5 N~2~-(biphenyl-4-ylsulfonyl)-N-hydroxy-N~2~-(2-hydroxyethyl)glycinamide × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-98% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2JT6 Solution structure of matrix metalloproteinase 3 (MMP-3) in the presence of 3-4'-cyanobyphenyl-4-yloxy)-n-hdydroxypropionamide (MMP-3 inhibitor VII) 提交 2007-07-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 105–265（161 aa） 片段：sequence database residues 105-265
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 JT6 3-[(4'-cyanobiphenyl-4-yl)oxy]-N-hydroxypropanamide × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-98% 15N] entity_1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2SRT CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN STROMELYSIN-1 AT PH 5.5 AND 40OC COMPLEXED WITH INHIBITOR 提交 1995-03-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 8MI N-(R-CARBOXY-ETHYL)-ALPHA-(S)-(2-PHENYLETHYL)GLYCYL-L-ARGININE-N-PHENYLAMIDE × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2USN CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THIADIAZOLE INHIBITOR PNU-141803 提交 1998-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–264（165 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 83 - 247
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 3 IN8 [2-(5-MERCAPTO-[1,3,4]THIADIAZOL-2-YLCARBAMOYL)-1-PHENYL-ETHYL]-CARBAMIC ACID BENZYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION., pH 7.0, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.20 Å
3OHL catalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-methoxy-N-(pyridine-3-ylmethyl)phenylsulfonamido)acetamide 提交 2010-08-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–266（167 aa） 片段：UNP residues 100-266
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 OHL N-hydroxy-N~2~-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-N~2~-(pyridin-4-ylmethyl)glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 29% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.36 Å R-free 0.283
3OHL catalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-methoxy-N-(pyridine-3-ylmethyl)phenylsulfonamido)acetamide 提交 2010-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–266（167 aa） 片段：UNP residues 100-266
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 OHL N-hydroxy-N~2~-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-N~2~-(pyridin-4-ylmethyl)glycinamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 29% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.36 Å R-free 0.283
3OHO catalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-methylphenylsulfonamido)acetamide 提交 2010-08-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–268（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP Residues 100-268)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 Z79 N-hydroxy-N~2~-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 26% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
3OHO catalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-methylphenylsulfonamido)acetamide 提交 2010-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–268（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP Residues 100-268)
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 Z79 N-hydroxy-N~2~-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]glycinamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 26% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
3OHO catalytic domain of stromelysin-1 in complex with N-Hydroxy-2-(4-methylphenylsulfonamido)acetamide 提交 2010-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–268（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP Residues 100-268)
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 Z79 N-hydroxy-N~2~-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]glycinamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-cacodylate, pH 6.5, 26% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
3USN STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST STROMELYSIN-1 INHIBITED WITH THE THIADIAZOLE INHIBITOR IPNU-107859, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-06-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–267（168 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 83(1) - 250(168)
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 ATT 2-[3-(5-MERCAPTO-[1,3,4]THIADIAZOL-2-YL)-UREIDO]-N-METHYL-3-PHENYL-PROPIONAMIDE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；300 K
分辨率未提供
4DPE Structure of MMP3 complexed with a platinum-based inhibitor. 提交 2012-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：unp residues 100-272
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 PT PLATINUM (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25-30% PEG 8000, 10 mM CaCl2, 100 mM TRIS , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.231
4DPE Structure of MMP3 complexed with a platinum-based inhibitor. 提交 2012-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：unp residues 100-272
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 PT PLATINUM (II) ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25-30% PEG 8000, 10 mM CaCl2, 100 mM TRIS , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.231
4G9L Structure of MMP3 complexed with NNGH inhibitor. 提交 2012-07-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：catalytic domain (unp residues 100-272)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；25-30% PEG 8000, 10 mM CaCl2, 100 mM TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.88 Å R-free 0.270
4G9L Structure of MMP3 complexed with NNGH inhibitor. 提交 2012-07-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：catalytic domain (unp residues 100-272)
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 3 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；25-30% PEG 8000, 10 mM CaCl2, 100 mM TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.88 Å R-free 0.270
4JA1 Structure of MMP3 complexed with a platinum-based inhibitor 提交 2013-02-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 PT PLATINUM (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Protein 7-15mg/ml, 25-30% (w/v) PEG 8000, 10 mM CaCl2, 100 mM TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.244
4JA1 Structure of MMP3 complexed with a platinum-based inhibitor 提交 2013-02-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–272（173 aa） 片段：catalytic domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 PT PLATINUM (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 NGH N-ISOBUTYL-N-[4-METHOXYPHENYLSULFONYL]GLYCYL HYDROXAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Protein 7-15mg/ml, 25-30% (w/v) PEG 8000, 10 mM CaCl2, 100 mM TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.244
6MAV Complex of tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) mutant L34G with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2018-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–267（168 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Ammonium Acetate 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 5.5, 17 % (w/v) PEG 10,000
分辨率 2.37 Å R-free 0.298
6N9D Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/L133P/L151C/G154A) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2018-12-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–264（165 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate: HCl, pH 6.5 18 % (w/v) PEG 8000
分辨率 2.67 Å R-free 0.258
7S7L Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66S/E67Y/L133N/S155L) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2021-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：Catalytic domain (UNP residues 100-272)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350 Anatrace-Microlytic Top96 #65
分辨率 2.34 Å R-free 0.239
7S7M Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66D/T98G/P131S/Q153N) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2021-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 100–272（173 aa） 片段：Catalytic domain (UNP residues 100-272)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；310 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5, 17% w/v PEG10000
分辨率 3.00 Å R-free 0.248

共 43 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–161； UniProt 105–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jnp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jnp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jnp
沉积日期 deposition_date2007-01-30
结构标题 titleSolution structure of matrix metalloproteinase 3 (MMP-3) in the presence of N-isobutyl-N-[4-methoxyphenylsulfonyl]glycyl hydroxamic acid (NNGH)
关键词 keywordsmetalloproteinase, MMP, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.06 Å
零角强度 I(0) i02968400000.00
分子量 molecular_weight463480.0 kDa
排除体积 excluded_volume576730 ų
包络体积 envelope_volume39270 ų
水化壳体积 shell_volume18872 ų
包络直径 envelope_diameter54.5 Å
壳层 Rg shell_rg23.70 Å
包络 Rg envelope_rg17.12 Å
形状 Rg shape_rg15.06 Å
总 Rg total_rg15.13 Å
总原子数 total_atoms63325
残基数 n_residues4025
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.0 Å
Rg (实空间) rg_real15.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2968000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8907
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.8 Å
偏度 Skewness skewness0.077
峰度 Kurtosis kurtosis-0.476
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha623800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.937
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2jnpa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2jnpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)