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2jqh

VPS4B MIT

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associating protein 4B

Homo sapiens

UniProt O75351

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–86 片段：MIT domain, residues 1-86 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.65；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成：1.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VPS4B MIT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2JQH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WR0 Structural characterization of the MIT domain from human Vps4b 提交 2004-10-07 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–77（77 aa） 片段：MIT DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）NaCl 50mM；压力 1
NMR样品组成 1mM protein U-15N; 20mM Tris buffer; 50mM NaCl; 95% H2O, 5% D2O; 1mM DTT | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1mM protein U-15N,13C; 20mM Tris buffer; 50mM NaCl; 95% H2O, 5% D2O; 1mM DTT | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1XWI Crystal Structure of VPS4B 提交 2004-11-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 123–444（322 aa） 片段：residues 123-444
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；300 K；Ammonium Sulfate, HEPES, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 7.50
分辨率 2.80 Å R-free 0.260
2CPT Solution structure of MIT domain from human SKD1 提交 2005-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa） 片段：MIT domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1.11mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d10-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2JQK VPS4B MIT-CHMP2B Complex 提交 2007-06-02 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–86（86 aa） 片段：MIT domain, residues 1-86
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.65；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.48 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] VPS4B MIT, 4.8 mM CHMP2B(195-213), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.84 mM VPS4B MIT, 0.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHMP2B(195-213), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4U7Y Structure of the complex of VPS4B MIT and IST1 MIM 提交 2014-07-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–89（89 aa） 片段：MIT domain (UNP residues 1-89)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；299 K；2.58 M Na-malonate
分辨率 2.50 Å R-free 0.271
7L9X Structure of VPS4B in complex with an allele-specific covalent inhibitor 提交 2021-01-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–444（444 aa）
未记录 XQV N-{3-[(8-phenyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-2-yl)amino]phenyl}propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；100 mM NH4SO4, 100 mM Hepes pH 7.5, 10% PEG 4000
分辨率 2.81 Å R-free 0.267

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS4B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–89； UniProt 1–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jqh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jqh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jqh
沉积日期 deposition_date2007-06-01
结构标题 titleVPS4B MIT
关键词 keywordsVPS4B, MIT, Three Helix Bundle, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.71 Å
零角强度 I(0) i0382393000.00
分子量 molecular_weight166070.0 kDa
排除体积 excluded_volume208220 ų
包络体积 envelope_volume18605 ų
水化壳体积 shell_volume11463 ų
包络直径 envelope_diameter49.0 Å
壳层 Rg shell_rg19.54 Å
包络 Rg envelope_rg14.51 Å
形状 Rg shape_rg12.69 Å
总 Rg total_rg12.92 Å
总原子数 total_atoms23460
残基数 n_residues1440
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.9 Å
Rg (实空间) rg_real12.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal382400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7992
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.1 Å
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.281
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89340.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2jqha_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.14 — MIT domain
家族 Family familya.7.14.1 — MIT domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2jqhA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)