SAXSdb — 2k0c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear pore complex protein Nup153

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 703–755	片段：RanBP2-type 2 domain (UNP residues 703-755)	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；压力 ambient NMR样品组成：0.9-1.2 mM nup153znf2, 0.9-1.2 mM ZINC ION, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2K0C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CH5 The crystal structure of the RanGDP-Nup153ZnF2 complex 提交 2008-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 703–754（52 aa）片段：residues 703-754	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
3CH5 The crystal structure of the RanGDP-Nup153ZnF2 complex 提交 2008-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 703–754（52 aa）片段：residues 703-754	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
3GJ3 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF2 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 723–750（28 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 2: UNP residues 723-750	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.79 Å R-free 0.194
3GJ4 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF3 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 790–817（28 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 3: UNP residues 790-817	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
3GJ4 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF3 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 790–817（28 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 3: UNP residues 790-817	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
3GJ5 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF4 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 848–876（29 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 4: UNP residues 848-876	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
3GJ5 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF4 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 848–876（29 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 4: UNP residues 848-876	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
3GJ6 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF1 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 658–686（29 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 1: UNP residues 658-686	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
3GJ7 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF12 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 658–750（93 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 12: UNP residues 658-750	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.93 Å R-free 0.229
3GJ7 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF12 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 658–750（93 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 12: UNP residues 658-750	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.93 Å R-free 0.229
3GJ8 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF34 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 790–876（87 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 34: UNP residues 790-876	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.82 Å R-free 0.203
3GJ8 Crystal structure of human RanGDP-Nup153ZnF34 complex 提交 2009-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 790–876（87 aa）片段：Nup153 - Zinc finger module 34: UNP residues 790-876	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 18-20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.82 Å R-free 0.203
7MO1 Crystal Structure of the ZnF1 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 648–687（40 aa）片段：ZINC FINGER 1 of NUP153 (UNP residues 648-687)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；22% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.60 Å R-free 0.175
7MO2 Crystal Structure of the ZnF2 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 713–749（37 aa）片段：ZINC FINGER 2 of NUP153 (UNP residues 713-749)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；294 K；19% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
7MO2 Crystal Structure of the ZnF2 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 713–749（37 aa）片段：ZINC FINGER 2 of NUP153 (UNP residues 713-749)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；294 K；19% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
7MO3 Crystal Structure of the ZnF3 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP, resolution 2.05 Angstrom 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 781–817（37 aa）片段：ZINC FINGER 3 of NUP153 (UNP residues 781-817)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 2.05 Å R-free 0.228
7MO3 Crystal Structure of the ZnF3 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP, resolution 2.05 Angstrom 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 781–817（37 aa）片段：ZINC FINGER 3 of NUP153 (UNP residues 781-817)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 2.05 Å R-free 0.228
7MO4 Crystal Structure of the ZnF3 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP, resolution 2.4 Angstrom 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 781–817（37 aa）片段：ZINC FINGER 3 of NUP153 (UNP residues 781-817)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
7MO4 Crystal Structure of the ZnF3 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP, resolution 2.4 Angstrom 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 781–817（37 aa）片段：ZINC FINGER 3 of NUP153 (UNP residues 781-817)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
7MO5 Crystal Structure of the ZnF4 of Nucleoporin NUP153 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 838–874（37 aa）片段：ZINC FINGER 4 of NUP153 (UNP residues 838-874)	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；22% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.55 Å R-free 0.190

共 12 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU153_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 703–755

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2k0c
沉积日期 deposition_date	2008-01-31
结构标题 title	Zinc-finger 2 of Nup153
关键词 keywords	;Zinc-Finger, DNA-binding, Metal-binding, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, Translocation, Transport, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.35 Å
零角强度 I(0) i0	95438600.00
分子量 molecular_weight	75714.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92591 Å³
包络体积 envelope_volume	18622 Å³
水化壳体积 shell_volume	11097 Å³
包络直径 envelope_diameter	44.7 Å
壳层 Rg shell_rg	20.05 Å
包络 Rg envelope_rg	15.48 Å
形状 Rg shape_rg	10.32 Å
总 Rg total_rg	10.91 Å
总原子数 total_atoms	10280
残基数 n_residues	700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.1 Å
Rg (实空间) rg_real	10.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	95440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6857
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	11.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.679
峰度 Kurtosis kurtosis	0.303
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12630.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.521; Stabil: 0.988; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.382; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2k0ca_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.11 — Ran binding protein zinc finger-like
家族 Family family	g.41.11.1 — Ran binding protein zinc finger-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Nuclear pore complex protein Nup153
分子量 formula_weight	5536.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10280

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Zinc-finger 2 of Nup153

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear pore complex protein Nup153

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/k0/2k0c/2k0c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k0/2k0c/2k0c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k0/2k0c/2k0c.dat