← Back to search
2k39

Recognition dynamics up to microseconds revealed from RDC derived ubiquitin ensemble in solution

Method: SOLUTION NMR
▼

1. Protein Identity and Related Structures Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

Xenopus laevis

UniProt P62972

State in the Current Structure

Assembly Physical composition Protein state Molecular copy count Associated components Data consistency
1 Protein monomer Monomer Protein 1 No other associated polymer Consistent with protein count

Other States of the Same Protein in the Database

Monomer
2k39

1 assemblies

Homodimer

None

Homotetramer

None

Other homooligomers

None

Heteromeric or nucleic-acid complex
2kde

1 assemblies

View Construct and Data Evidence
UniProt name UBIQ_XENLA
Isoform —
PDB entities 1
Chains and sequence ranges Author chain A； PDBConstruct 1–76； UniProt 1–76

The page prioritizes protein identity, the current assembly, associated components, oligomeric state and cross-PDB links. Chain mapping and sequence ranges are retained as data evidence. Internal IDs, import timestamps and assembly operation expressions are maintenance fields and are not shown here.

▼

2. Structure Basics 2. Structure Basics

Entry ID entry_id2k39
Deposition date deposition_date2008-04-25
Structure title titleRecognition dynamics up to microseconds revealed from RDC derived ubiquitin ensemble in solution
Keywords keywordsubiquitin, RDC, residual dipolar coupling, Cytoplasm, Nucleus, Ubl conjugation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
Experimental Method methodSOLUTION NMR
▼

3. Official assembly/model SAXS Official SAXS Profiles

This page reads only the latest assembly calculations. Every curve maps to an explicit PDB entry, official biological assembly and coordinate model.

2k39__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

Download this curve (.dat)

2k39__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 104 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 plotted points; both axes use logarithmic scales.

2k39__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

The new assembly/model P(r) has not been calculated yet This placeholder does not display legacy data r (Angstrom) P(r)
P(r) will be calculated and displayed separately for the same assembly/model.
Rg（Guinier）13.43 Å
Rg (electron density)11.67 Å
Total Rg13.23 Å
Atom count1231
Residues76
Excluded volume10817 ų
Maximum q0.500 Å⁻¹
Assembly Model Structure unit Oligomeric description Status CRYSOL Actions
1 1 2k39__assembly_1__model_1 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 2 2k39__assembly_1__model_2 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 3 2k39__assembly_1__model_3 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 4 2k39__assembly_1__model_4 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 5 2k39__assembly_1__model_5 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 6 2k39__assembly_1__model_6 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 7 2k39__assembly_1__model_7 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 8 2k39__assembly_1__model_8 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 9 2k39__assembly_1__model_9 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 10 2k39__assembly_1__model_10 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 11 2k39__assembly_1__model_11 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 12 2k39__assembly_1__model_12 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 13 2k39__assembly_1__model_13 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 14 2k39__assembly_1__model_14 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 15 2k39__assembly_1__model_15 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 16 2k39__assembly_1__model_16 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 17 2k39__assembly_1__model_17 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 18 2k39__assembly_1__model_18 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 19 2k39__assembly_1__model_19 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 20 2k39__assembly_1__model_20 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 21 2k39__assembly_1__model_21 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 22 2k39__assembly_1__model_22 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 23 2k39__assembly_1__model_23 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 24 2k39__assembly_1__model_24 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 25 2k39__assembly_1__model_25 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 26 2k39__assembly_1__model_26 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 27 2k39__assembly_1__model_27 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 28 2k39__assembly_1__model_28 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 29 2k39__assembly_1__model_29 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 30 2k39__assembly_1__model_30 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 31 2k39__assembly_1__model_31 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 32 2k39__assembly_1__model_32 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 33 2k39__assembly_1__model_33 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 34 2k39__assembly_1__model_34 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 35 2k39__assembly_1__model_35 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 36 2k39__assembly_1__model_36 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 37 2k39__assembly_1__model_37 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 38 2k39__assembly_1__model_38 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 39 2k39__assembly_1__model_39 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 40 2k39__assembly_1__model_40 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 41 2k39__assembly_1__model_41 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 42 2k39__assembly_1__model_42 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 43 2k39__assembly_1__model_43 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 44 2k39__assembly_1__model_44 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 45 2k39__assembly_1__model_45 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 46 2k39__assembly_1__model_46 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 47 2k39__assembly_1__model_47 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 48 2k39__assembly_1__model_48 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 49 2k39__assembly_1__model_49 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 50 2k39__assembly_1__model_50 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 51 2k39__assembly_1__model_51 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 52 2k39__assembly_1__model_52 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 53 2k39__assembly_1__model_53 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 54 2k39__assembly_1__model_54 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 55 2k39__assembly_1__model_55 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 56 2k39__assembly_1__model_56 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 57 2k39__assembly_1__model_57 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 58 2k39__assembly_1__model_58 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 59 2k39__assembly_1__model_59 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 60 2k39__assembly_1__model_60 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 61 2k39__assembly_1__model_61 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 62 2k39__assembly_1__model_62 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 63 2k39__assembly_1__model_63 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 64 2k39__assembly_1__model_64 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 65 2k39__assembly_1__model_65 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 66 2k39__assembly_1__model_66 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 67 2k39__assembly_1__model_67 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 68 2k39__assembly_1__model_68 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 69 2k39__assembly_1__model_69 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 70 2k39__assembly_1__model_70 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 71 2k39__assembly_1__model_71 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 72 2k39__assembly_1__model_72 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 73 2k39__assembly_1__model_73 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 74 2k39__assembly_1__model_74 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 75 2k39__assembly_1__model_75 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 76 2k39__assembly_1__model_76 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 77 2k39__assembly_1__model_77 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 78 2k39__assembly_1__model_78 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 79 2k39__assembly_1__model_79 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 80 2k39__assembly_1__model_80 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 81 2k39__assembly_1__model_81 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 82 2k39__assembly_1__model_82 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 83 2k39__assembly_1__model_83 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 84 2k39__assembly_1__model_84 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 85 2k39__assembly_1__model_85 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 86 2k39__assembly_1__model_86 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 87 2k39__assembly_1__model_87 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 88 2k39__assembly_1__model_88 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 89 2k39__assembly_1__model_89 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 90 2k39__assembly_1__model_90 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 91 2k39__assembly_1__model_91 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 92 2k39__assembly_1__model_92 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 93 2k39__assembly_1__model_93 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 94 2k39__assembly_1__model_94 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 95 2k39__assembly_1__model_95 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 96 2k39__assembly_1__model_96 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 97 2k39__assembly_1__model_97 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 98 2k39__assembly_1__model_98 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 99 2k39__assembly_1__model_99 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 100 2k39__assembly_1__model_100 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 101 2k39__assembly_1__model_101 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 102 2k39__assembly_1__model_102 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 103 2k39__assembly_1__model_103 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 104 2k39__assembly_1__model_104 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 105 2k39__assembly_1__model_105 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 106 2k39__assembly_1__model_106 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 107 2k39__assembly_1__model_107 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 108 2k39__assembly_1__model_108 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 109 2k39__assembly_1__model_109 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 110 2k39__assembly_1__model_110 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 111 2k39__assembly_1__model_111 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 112 2k39__assembly_1__model_112 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 113 2k39__assembly_1__model_113 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 114 2k39__assembly_1__model_114 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 115 2k39__assembly_1__model_115 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
1 116 2k39__assembly_1__model_116 monomeric （1） Success 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) View Download
▶

4. Crystallography and Experiment 4. Crystallography & Experiment

▶

5. Entities and Polymers Entities & Polymers (1)

▼

6. Fold Classification (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

Domain ID domain_idd2k39a_
Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
Fold Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
Superfamily Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
Family Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

Domain ID domain_id2k39A00
Class class3 — Alpha Beta
Architecture architecture10 — Roll
Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
Homologous superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
▶

7. Citations (1)