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2k8p

Characterisation of the structural features and interactions of sclerostin: molecular insight into a key regulator of Wnt-mediated bone formation

Method: SOLUTION NMR Dmax: 287.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sclerostin

Homo sapiens

UniProt Q9BQB4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–213 片段：UNP residues 25 to 213 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：310 uM entity, 5 % D2O, 95 % H2O, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：250 uM [U-15N] entity, 5 % D2O, 95 % H2O, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：200 uM [U-13C; U-15N] entity, 5 % D2O, 95 % H2O, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K8P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3SOV The structure of a beta propeller domain in complex with peptide S 提交 2011-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Z 115–121（7 aa） 片段：UNP residues 115-121
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M potassium thiocyanate and 30% (w/v) PEG MME 2000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.27 Å R-free 0.180
6L6R Crystal structure of LRP6 E1E2-SOST complex 提交 2019-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 24–177（154 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；301 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium citrate, HEPES
分辨率 3.80 Å R-free 0.256
6L6R Crystal structure of LRP6 E1E2-SOST complex 提交 2019-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 24–177（154 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；301 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium citrate, HEPES
分辨率 3.80 Å R-free 0.256

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOST_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 25–213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k8p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k8p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k8p
沉积日期 deposition_date2008-09-18
结构标题 titleCharacterisation of the structural features and interactions of sclerostin: molecular insight into a key regulator of Wnt-mediated bone formation
关键词 keywordsWNT SIGNALLING PATHWAY, BONE FORMATION, Alternative splicing, Glycoprotein, Secreted, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.12 Å
零角强度 I(0) i09272310000.00
分子量 molecular_weight770020.0 kDa
排除体积 excluded_volume946460 ų
包络体积 envelope_volume1679500 ų
水化壳体积 shell_volume169460 ų
包络直径 envelope_diameter338.5 Å
壳层 Rg shell_rg72.34 Å
包络 Rg envelope_rg86.00 Å
形状 Rg shape_rg60.40 Å
总 Rg total_rg59.39 Å
总原子数 total_atoms107100
残基数 n_residues6804
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax287.1 Å
Rg (实空间) rg_real59.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error9.36 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3530e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9227000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6150
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary21.3 Å
偏度 Skewness skewness0.715
峰度 Kurtosis kurtosis0.027
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2351000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)