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2ka9

Solution structure of PSD-95 PDZ12 complexed with cypin peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 79.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Disks large homolog 4

Rattus norvegicus

UniProt P31016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 61–249 片段：N-terminal PDZ12 domain cypin peptide × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：1mM [U-15N] PSD95 PDZ12, 1mM cypin peptide, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KA9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BE9 THE THIRD PDZ DOMAIN FROM THE SYNAPTIC PROTEIN PSD-95 IN COMPLEX WITH A C-TERMINAL PEPTIDE DERIVED FROM CRIPT. 提交 1998-05-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 295–420（126 aa） 片段：THE THIRD PDZ DOMAIN OF PSD-95
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5
分辨率 1.82 Å R-free 0.278
1BFE THE THIRD PDZ DOMAIN FROM THE SYNAPTIC PROTEIN PSD-95 提交 1998-05-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：THE THIRD PDZ DOMAIN OF PSD-95
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.315
1IU0 The first PDZ domain of PSD-95 提交 2002-02-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–151（91 aa） 片段：PDZ1 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1
NMR样品组成 20mM KPi | 10% D2O, 90% H2O
NMR样品组成 20mM KPi | 100% D2O
分辨率未提供
1IU2 The first PDZ domain of PSD-95 提交 2002-02-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–151（91 aa） 片段：PDZ1 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1
NMR样品组成 20mM KPi, 100mM KCl | 10% D2O, 90% H2O
NMR样品组成 20mM KPi, 100mM KCl | 100% D2O
分辨率未提供
1JXM CRYSTAL STRUCTURE OF THE GMP BOUND SH3-HOOK-GK FRAGMENT OF PSD-95 提交 2001-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 430–724（295 aa） 片段：SH3-HOOK-GK
未记录 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GAI GUANIDINE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；277 K；2-methyl-2,4-pentanediol, HEPES buffer, guanidine, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1JXO Crystal Structure of the SH3-HOOK-GK Fragment of PSD-95 提交 2001-09-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 430–724（295 aa） 片段：SH3-HOOK-GK
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；2-methyl-2,4-pentanediol, MES buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.264
1JXO Crystal Structure of the SH3-HOOK-GK Fragment of PSD-95 提交 2001-09-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 430–724（295 aa） 片段：SH3-HOOK-GK
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；2-methyl-2,4-pentanediol, MES buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.264
1KJW SH3-Guanylate Kinase Module from PSD-95 提交 2001-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 430–724（295 aa） 片段：SH3 Domain/Guanylate Kinase Domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；288 K；Ammonium sulfate, PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 15K
分辨率 1.80 Å R-free 0.250
1QLC Solution structure of the second PDZ domain of Postsynaptic Density-95 提交 1999-08-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 155–249（95 aa） 片段：THE SECOND PDZ DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
分辨率未提供
1RGR Cyclic Peptides Targeting PDZ Domains of PSD-95: Structural Basis for Enhanced Affinity and Enzymatic Stability 提交 2003-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–154（93 aa） 片段：PDZ1 domain of PSD-95
未记录 BAL BETA-ALANINE × 1 SOLUTION NMR
NMR样品组成 1mM PZ1 U-15N,13C, 3mM peptide, 10 mM phospate buffer 150 mM NaCl, pH 6.8 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1TP3 PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with KKETPV peptide ligand 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ 3; residues 302-402
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.99 Å R-free 0.296
1TP5 Crystal structure of PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with a peptide ligand KKETWV 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：third PDZ domain (residues 302-402)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；288 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 10 mM sodium chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.54 Å R-free 0.229
1TP5 Crystal structure of PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with a peptide ligand KKETWV 提交 2004-06-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 302–402（101 aa） 片段：third PDZ domain (residues 302-402)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；288 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 10 mM sodium chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.54 Å R-free 0.229
1TQ3 Higher resolution crystal structure of the third PDZ domain of post synaptic PSD-95 protein 提交 2004-06-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：third PDZ domain (residues 302-402)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.89 Å R-free 0.296
2MHO Solution State Structure PSD-95 PDZ1 with 5HT2C Receptor peptide 提交 2013-11-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–155（96 aa） 片段：PDZ 1, UNP residues 60-155
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 2.5 mM protein_2, 1 mM DTT, 0.01 w/v sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2XKX Single particle analysis of PSD-95 in negative stain 提交 2010-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–724（724 aa）
链 B 1–724（724 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 实验方法未声明
cryo-EM缓冲液 20MM TRIS/HCL, 5MM DTT, 1MM EDTA,；pH 7.5；20MM TRIS/HCL, 5MM DTT, 1MM EDTA,
分辨率 22.90 Å
3GSL Crystal structure of PSD-95 tandem PDZ domains 1 and 2 提交 2009-03-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–249（189 aa） 片段：PDZ domains 1 and 2: UNP residues 61-249
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；35% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0. 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.281
3GSL Crystal structure of PSD-95 tandem PDZ domains 1 and 2 提交 2009-03-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 61–249（189 aa） 片段：PDZ domains 1 and 2: UNP residues 61-249
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；35% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0. 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.281
3WP0 Crystal structure of Dlg GK in complex with a phosphor-Lgl2 peptide 提交 2014-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 531–713（183 aa） 片段：UNP residues 533-713
未记录 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；0.2M lithium chloride, 20% PEG3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.04 Å R-free 0.202
3WP1 Phosphorylation-dependent interaction between tumor suppressors Dlg and Lgl 提交 2014-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 531–713（183 aa） 片段：UNP residues 531-713
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：unp residues 302-402
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate
分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 302–402（101 aa） 片段：unp residues 302-402
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate
分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 302–402（101 aa） 片段：unp residues 302-402
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate
分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 302–402（101 aa） 片段：unp residues 302-402
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate
分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5GNV Structure of PSD-95/MAP1A complex reveals unique target recognition mode of MAGUK GK domain 提交 2016-07-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 531–713（183 aa） 片段：UNP residues 531-713
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；289 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 25%(w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.257
5HDY The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 提交 2016-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against microliters of crystallization buffer (1.0 M sodium citrate) at 289 K. Diamond-shaped crystals appeared either spontaneously or with microseeding after 1-5 days and grew to 100-200 microns in length over several weeks.
分辨率 1.80 Å R-free 0.220
5HEB The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.65 Å R-free 0.195
5HED The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：T-2F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.125 M sodium citrate, pH 7.1. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
5HET The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：G330T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Reservoir solution contained 1.05 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 2.00 Å R-free 0.213
5HEY The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：G330T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (8 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.50 Å R-free 0.203
5HF1 The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：G330T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 6.8. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.75 Å R-free 0.218
5HF4 The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (H372A mutant) 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：H372A GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Reservoir solution contained 0.95 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.75 Å R-free 0.221
5HFB The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (H372A mutant) in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：H372A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (8 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.62 Å R-free 0.203
5HFC The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (H372A mutant) in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：H372A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.05 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.85 Å R-free 0.207
5HFD The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T, H372A double mutant) 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：G330T H372A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Reservoir solution contained 1 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (13 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.60 Å R-free 0.197
5HFE The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T, H372A double mutant) in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：G330T H372A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.25 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.80 Å R-free 0.211
5HFF The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T, H372A double mutant) in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 302–402（101 aa） 片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)
突变：G330T, H372A GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 6.75. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.
分辨率 1.75 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 303–402（100 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 303–402（100 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 303–402（100 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 303–402（100 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5W72 Impact of IR active probes on PDZ3 and its ligand binding studied by NMR and X-ray crystallography 提交 2017-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 301–402（102 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PDZ3, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5YPO Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with phospho-SAPAP peptide 提交 2017-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 531–713（183 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；289 K；Condition: 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10000
分辨率 2.29 Å R-free 0.226
5YPO Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with phospho-SAPAP peptide 提交 2017-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 531–713（183 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；289 K；Condition: 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10000
分辨率 2.29 Å R-free 0.226
5YPR Crystal Structure of PSD-95 SH3-GK domain in complex with a synthesized inhibitor 提交 2017-11-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 426–721（296 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1M tris pH 8.0, 35% tert-Butanol
分辨率 2.35 Å R-free 0.264
7CQF Crystal structure of PSD-95 PDZ3 fused with ADAM22 C-terminal peptide 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 309–422（114 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CHT CHOLINE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M choline chloride, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5), 14 % (w/v) PEG 2000 MME
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
7F7G a linear Peptide Inhibitors in complex with GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；(0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane / pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
7F7G a linear Peptide Inhibitors in complex with GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；(0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane / pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 531–713（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
9IUI Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with GK_FingR 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 531–713（183 aa） 片段：GK domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；289 K；0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 20% PEG 20000
分辨率 1.93 Å R-free 0.278
9IUI Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with GK_FingR 提交 2024-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 531–713（183 aa） 片段：GK domain
未记录 GOL GLYCEROL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；289 K；0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 20% PEG 20000
分辨率 1.93 Å R-free 0.278
9UDJ Crystal structure of PSD95 in complex with 4-dimethylaminophenol 提交 2025-04-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 533–713（181 aa） 片段：Guanylate kinase-like
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 18% w/v Polyethylene glycol 3,350.
分辨率 2.44 Å R-free 0.274
9UDJ Crystal structure of PSD95 in complex with 4-dimethylaminophenol 提交 2025-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 533–713（181 aa） 片段：Guanylate kinase-like
未记录 A1EOW 4-(dimethylamino)phenol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 18% w/v Polyethylene glycol 3,350.
分辨率 2.44 Å R-free 0.274

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 DLG4_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 61–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ka9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ka9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ka9
沉积日期 deposition_date2008-11-03
结构标题 titleSolution structure of PSD-95 PDZ12 complexed with cypin peptide
关键词 keywords;PDZ-cypin peptide complex, tandem PDZ domain, Alternative splicing, Cell junction, Cell membrane, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Phosphoprotein, Postsynaptic cell membrane, SH3 domain, Synapse, CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.71 Å
零角强度 I(0) i02643170000.00
分子量 molecular_weight439900.0 kDa
排除体积 excluded_volume553030 ų
包络体积 envelope_volume87915 ų
水化壳体积 shell_volume28548 ų
包络直径 envelope_diameter92.0 Å
壳层 Rg shell_rg33.16 Å
包络 Rg envelope_rg26.42 Å
形状 Rg shape_rg23.71 Å
总 Rg total_rg23.88 Å
总原子数 total_atoms62540
残基数 n_residues4140
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.7 Å
Rg (实空间) rg_real23.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2643000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7063
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.7 Å
偏度 Skewness skewness0.344
峰度 Kurtosis kurtosis-0.915
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40270000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.290; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.348; Smooth: 0.960
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ka9A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id2ka9A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)