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2kk1

Solution structure of C-terminal Domain of Tyrosine-protein kinase ABL2 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target HR5537A

Method: SOLUTION NMR Dmax: 56.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase ABL2

Homo sapiens

UniProt P42684

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1058–1182 片段：sequence database residues 1058-1182 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.2 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KK1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ECD Solution structure of the human ABL2 SH2 domain 提交 2007-02-13 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 163–268（106 aa） 片段：SH2 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 0.33mM SH2 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2XYN HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680 提交 2010-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 243–510（268 aa） 片段：RESIDUES 243-510
未记录 NA SODIUM ION × 2 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.284
2XYN HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680 提交 2010-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 243–510（268 aa） 片段：RESIDUES 243-510
未记录 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.284
2XYN HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680 提交 2010-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 243–510（268 aa） 片段：RESIDUES 243-510
未记录 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.284
3GVU The crystal structure of human ABL2 in complex with GLEEVEC 提交 2009-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–546（268 aa） 片段：Protein kinase
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.226
3GVU The crystal structure of human ABL2 in complex with GLEEVEC 提交 2009-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 279–546（268 aa） 片段：Protein kinase
未记录 STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.05 Å R-free 0.226
3HMI The crystal structure of human ABL2 in complex with 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE 提交 2009-05-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 279–546（268 aa） 片段：Protein kinase
未记录 DKI 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M lithium sulfate, 0.05M di-sodium hydrogen phosphate, 0.05M citric acid, 19%(w/v) PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.234
3ULR Lysozyme contamination facilitates crystallization of a hetero-trimericCortactin:Arg:Lysozyme complex 提交 2011-11-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 563–579（17 aa） 片段：PXXP1 (UNP residues 563-579)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；297 K；1.0M Na Citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 1.65 Å R-free 0.225
4EIH Crystal structure of Arg SH2 domain 提交 2012-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 165–273（109 aa） 片段：SH2 domain, UNP residues 165-273
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH8.5 100mM Tris, 15-17% PEG4000 0.2M Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.20 Å R-free 0.181
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 110–166（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 110–166（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 110–166（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 110–166（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP5 Abl2 SH3 pTyr116/161 提交 2017-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 110–166（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate
分辨率 1.40 Å R-free 0.199
5NP5 Abl2 SH3 pTyr116/161 提交 2017-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 110–166（57 aa） 片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate
分辨率 1.40 Å R-free 0.199

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABL2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 11–135； UniProt 1058–1182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kk1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kk1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kk1
沉积日期 deposition_date2009-06-14
结构标题 titleSolution structure of C-terminal Domain of Tyrosine-protein kinase ABL2 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target HR5537A
关键词 keywords;Methods development, Tyrosin protein kinase abl2, F-actin binding domain, NESG, Alternative splicing, ATP-binding, Cell adhesion, Cytoplasm, Cytoskeleton, Kinase, Lipoprotein, Magnesium, Manganese, Metal-binding, Myristate, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, SH2 domain, SH3 domain, Transferase, Tyrosine-protein kinase, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium ;; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.82 Å
零角强度 I(0) i01292910000.00
分子量 molecular_weight290710.0 kDa
排除体积 excluded_volume359430 ų
包络体积 envelope_volume109030 ų
水化壳体积 shell_volume30799 ų
包络直径 envelope_diameter108.9 Å
壳层 Rg shell_rg35.83 Å
包络 Rg envelope_rg33.18 Å
形状 Rg shape_rg19.86 Å
总 Rg total_rg20.13 Å
总原子数 total_atoms40860
残基数 n_residues2700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.3 Å
Rg (实空间) rg_real18.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.16 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1293000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6619
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary17.7 Å
偏度 Skewness skewness0.490
峰度 Kurtosis kurtosis-0.357
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.7000
最高正则化参数 α highest_alpha1188000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 0.912; Stabil: 0.993; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kk1A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)