Major prion protein
Mesocricetus auratus
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 23–106 | 未记录 | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；298 K；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM [U-15N] octarepeats-1, 5 % [U-2H] D2O-2, 20 % [U-2H] DMSO-3, 20 mM pentosan polysulfate-4, 10 mM sodium acetate-5, 75 % H2O-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-7, 5 % [U-2H] D2O-8, 20 % [U-2H] DMSO-9, 20 mM pentosan polysulfate-10, 10 mM sodium acetate-11, 75 % H2O-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-13, 80 % [U-2H] D2O-14, 20 % [U-2H] DMSO-15, 20 mM pentosan polysulfate-16, 10 mM sodium acetate-17, 100% D2O | 100% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2KKG | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B10 SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SYRIAN HAMSTER PRION PROTEIN RPRP(90-231) , 25 STRUCTURES 提交 1998-11-25 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
90–231（142 aa）
片段：90 - 231
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.2；303 K；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 2LH8 Syrian hamster prion protein with thiamine 提交 2011-08-05 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
125–228（104 aa）
片段：UNP residues 125-228
|
未记录 | VIB 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成
0.3 mM [U-100% 15N] shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM shPrP, 12.5 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3NVE MMHFGN segment 138-143 from Syrian Hamster prion 提交 2010-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
138–143（6 aa）
链 B
138–143（6 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.2 M Ammonium sulfate, 200 mM BisTris pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.269 |
| 4YXL Crystal structure of Syrian hamster prion protein complexed with POM1 FAB 提交 2015-03-23 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
90–232（143 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.310 |
| 7LNA Infectious mammalian prion fibril (263K scrapie) 提交 2021-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
90–231（142 aa）
链 B
90–231（142 aa）
链 C
90–231（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 7YAT CryoEM tetra protofilament structure of the hamster prion 108-144 fibril 提交 2022-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric |
链 A
119–143（25 aa）
链 B
119–143（25 aa）
链 C
119–143（25 aa）
链 D
119–143（25 aa）
链 E
119–143（25 aa）
链 F
119–143（25 aa）
链 G
119–143（25 aa）
链 H
119–143（25 aa）
链 I
119–143（25 aa）
链 J
119–143（25 aa）
链 K
119–143（25 aa）
链 L
119–143（25 aa）
链 M
119–143（25 aa）
链 N
119–143（25 aa）
链 O
119–143（25 aa）
链 P
119–143（25 aa）
链 Q
119–143（25 aa）
链 R
119–143（25 aa）
链 S
119–143（25 aa）
链 T
119–143（25 aa）
链 U
119–143（25 aa）
链 V
119–143（25 aa）
链 X
119–143（25 aa）
链 Y
119–143（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 3.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8WZX Cryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7 提交 2023-11-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric |
链 A
23–144（122 aa）
链 B
23–144（122 aa）
链 C
23–144（122 aa）
链 D
23–144（122 aa）
链 E
23–144（122 aa）
链 F
23–144（122 aa）
链 G
23–144（122 aa）
链 H
23–144（122 aa）
链 I
23–144（122 aa）
链 J
23–144（122 aa）
链 K
23–144（122 aa）
链 L
23–144（122 aa）
链 M
23–144（122 aa）
链 N
23–144（122 aa）
链 O
23–144（122 aa）
链 P
23–144（122 aa）
链 Q
23–144（122 aa）
链 R
23–144（122 aa）
链 S
23–144（122 aa）
链 T
23–144（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 3.7；20 mM NaOAc, 140 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PRIO_MESAU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–85； UniProt 23–106 |
