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2krc

Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase

Method: SOLUTION NMR Dmax: 44.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

Bacillus subtilis

UniProt P12464

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–92 片段：residues 2-92 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成：10 mM sodium chloride-1, 50 uM sodium azide-2, 20 mM phosphate buffer-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：10 mM sodium chloride-4, 50 uM sodium azide-5, 20 mM phosphate buffer-6, 14.29 mg/mL filamentous Pf1 bacteriophage-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：10 mM sodium chloride-8, 50 uM sodium azide-9, 20 mM phosphate buffer-10, 5 % polyacrylamide gel-11, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KRC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2M4K Solution structure of the delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis 提交 2013-02-07 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–173（172 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成 10 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 50 uM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
链 B 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
链 B 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
分辨率 2.17 Å R-free 0.283
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
分辨率 2.17 Å R-free 0.283
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
链 B 2–92（91 aa） 片段：UNP residues 2-92
未记录 NI NICKEL (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
分辨率 2.17 Å R-free 0.283
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–173（173 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 L 1–173（173 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 L 1–173（173 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 I 1–173（173 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOE_BACSU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 2–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2krc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2krc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2krc
沉积日期 deposition_date2009-12-16
结构标题 titleSolution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase
关键词 keywords;RNA polymerase, delta subunit, gram-positive bacteria, DNA-directed RNA polymerase, Nucleotidyltransferase, Transcription, Transferase ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.01 Å
零角强度 I(0) i0197370000.00
分子量 molecular_weight117410.0 kDa
排除体积 excluded_volume146410 ų
包络体积 envelope_volume23542 ų
水化壳体积 shell_volume13563 ų
包络直径 envelope_diameter50.4 Å
壳层 Rg shell_rg20.61 Å
包络 Rg envelope_rg14.94 Å
形状 Rg shape_rg13.00 Å
总 Rg total_rg13.32 Å
总原子数 total_atoms16310
残基数 n_residues990
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax44.5 Å
Rg (实空间) rg_real13.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal197400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8756
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.9 Å
偏度 Skewness skewness0.114
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha236500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2krcA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1250 — RNA polymerase, subunit delta, N-terminal domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)