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2kwy

Structure of G61-101

Method: SOLUTION NMR Dmax: 64.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase subunit G

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P48836

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 61–101 片段：UNP residues 61-101 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT NMR样品组成：7 % D2O-1, 30 % [U-100% 2H] TFE-2, 25 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, Phosphate Buffer pH 6.8 | Phosphate Buffer pH 6.8 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KWY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K88 Association of subunit d (Vma6p) and E (Vma4p) with G (Vma10p) and the NMR solution structure of subunit G (G1-59) of the Saccharomyces cerevisiae V1VO ATPase 提交 2008-09-04 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–58（57 aa） 片段：G(1-59)subunit of V1Vo ATPase
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
分辨率 8.30 Å
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–114（114 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–114（114 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.257
4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–114（114 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.82 Å R-free 0.277
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 J 2–114（113 aa）
链 L 2–114（113 aa）
链 N 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 j 2–114（113 aa）
链 l 2–114（113 aa）
链 n 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 J 2–114（113 aa）
链 L 2–114（113 aa）
链 N 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 j 2–114（113 aa）
链 l 2–114（113 aa）
链 n 2–114（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.60 Å
6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.60 Å
6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 7.00 Å
6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.70 Å
7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.80 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
分辨率 3.60 Å
9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 H 1–114（114 aa）
链 J 1–114（114 aa）
链 L 1–114（114 aa）
突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 20 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATG_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–43； UniProt 61–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kwy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kwy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kwy
沉积日期 deposition_date2010-04-22
结构标题 titleStructure of G61-101
关键词 keywordsG61-101, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.69 Å
零角强度 I(0) i029528600.00
分子量 molecular_weight45773.0 kDa
排除体积 excluded_volume58047 ų
包络体积 envelope_volume14960 ų
水化壳体积 shell_volume8238 ų
包络直径 envelope_diameter66.9 Å
壳层 Rg shell_rg21.62 Å
包络 Rg envelope_rg19.34 Å
形状 Rg shape_rg17.64 Å
总 Rg total_rg18.06 Å
总原子数 total_atoms6610
残基数 n_residues430
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.3 Å
Rg (实空间) rg_real17.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29530000.0000
解质量估计 total_estimate0.6302
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary7.6 Å
偏度 Skewness skewness0.573
峰度 Kurtosis kurtosis-0.607
角度范围 angular_range— – 0.4600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12910.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.069; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.007; Smooth: 0.984
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kwyA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily730 — Single helix bin
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)