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2kxh

Solution structure of the first two RRM domains of FIR in the complex with FBP Nbox peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 65.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

Homo sapiens

UniProt Q9UHX1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 119–314 片段：UNP residues 119-314 peptide of Far upstream element-binding protein 1 × 1 （Q96AE4） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR测量条件：pH 8；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR样品组成：0.6 mM [U-15N] protein_1-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 1.25 mM protein_2-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：mM [U-13C; U-15N] protein_1-6, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM TCEP-9, mM protein_2-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3 mM [U-13C; U-15N] protein_2-11, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-12, 50 mM sodium chloride-13, 2 mM TCEP-14, mM protein_1-15, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：mM [U-13C; U-15N] protein_1-16, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM TCEP-19, mM protein_2-20, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KXH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KXF Solution structure of the first two RRM domains of FBP-interacting repressor (FIR) 提交 2010-05-04 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 119–314（196 aa） 片段：UNP residues 119-314
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient
NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-15N] entity-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N] entity-5, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-6, 50 mM sodium chloride-7, 2 mM TCEP-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N; U70%-2H] entity-9, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-10, 50 mM sodium chloride-11, 2 mM TCEP-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 F 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 D 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 G 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 H 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 B 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 C 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 D 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 E 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 F 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 G 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
链 H 460–499（40 aa） 片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3UE2 Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2011-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 443–559（117 aa） 片段：RNA binding domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.23 Å R-free 0.160
3US5 Crystal structure of a RNA-binding domain of a poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 1.38 A resolution 提交 2011-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 443–559（117 aa） 片段：RRM 3 domain residues 443-559
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；2.40M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.38 Å R-free 0.181
3UWT Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 2.50 A resolution 提交 2011-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 118–316（199 aa） 片段：RNA binding domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.2M sodium chloride, 1.26M ammonium sulfate, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5KVY CRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO TANDEM RRM DOMAINS OF PUF60 BOUND TO A PORTION OF AN ADML PRE-MRNA 3' SPLICE SITE ANALOG 提交 2016-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 118–316（199 aa） 片段：tandem RRM domains
链 B 118–316（199 aa） 片段：tandem RRM domains
突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M TRIS-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM Barium Chloride Dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM TRIS-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA.
分辨率 1.95 Å R-free 0.232
5KW1 Crystal Structure of the Two Tandem RRM Domains of PUF60 Bound to a Modified AdML Pre-mRNA 3' Splice Site Analogue 提交 2016-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 118–316（199 aa） 片段：unp residues 118-316
链 B 118–316（199 aa） 片段：unp residues 118-316
突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM barium chloride dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
5KW6 Two Tandem RRM Domains of PUF60 Bound to an AdML Pre-mRNA 3' Splice Site Analogue with a Modified Binding-Site Nucleic Acid Base 提交 2016-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 118–316（199 aa） 片段：unp residues 118-316
链 B 118–316（199 aa） 片段：unp residues 118-316
突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM barium chloride dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA
分辨率 1.91 Å R-free 0.226
5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 118–316（199 aa）
突变：R106G, C112S, C238A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 118–316（199 aa）
突变：R106G, C112S, C238A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 118–316（199 aa）
链 B 118–316（199 aa）
突变：R106G, C112S, C238A 突变：R106G, C112S, C238A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
6LUR Human PUF60 UHM domain (thioredoxin fusion) in complex with a small molecule binder 提交 2020-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 460–559（100 aa）
链 B 460–559（100 aa）
链 C 460–559（100 aa）
链 D 460–559（100 aa）
链 E 460–559（100 aa）
链 F 460–559（100 aa）
链 G 460–559（100 aa）
链 H 460–559（100 aa）
未记录 EVU 4-[2-[4-(aminomethyl)phenyl]phenyl]piperazin-2-one × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3-1.6M AmSO4, 0.2M potassium formate
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 417–516（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
分辨率 1.94 Å R-free 0.207
6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 417–516（100 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
分辨率 1.94 Å R-free 0.207
6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 417–516（100 aa）
未记录 LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
分辨率 1.94 Å R-free 0.207
6SLO Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine 提交 2019-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 417–516（100 aa）
未记录 LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,
分辨率 1.94 Å R-free 0.207
7Q8A Crystal structure of tandem domain RRM1-2 of FUBP-interacting repressor (FIR) bound to FUSE ssDNA fragment 提交 2021-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 114–310（197 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；25% w/v PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris , pH5.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.247
7Q8A Crystal structure of tandem domain RRM1-2 of FUBP-interacting repressor (FIR) bound to FUSE ssDNA fragment 提交 2021-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 114–310（197 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；25% w/v PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris , pH5.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.247
7Z3X Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA 提交 2022-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 114–308（195 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350 0.1M Bis-Tris, pH5.5
分辨率 1.65 Å R-free 0.214
7Z3X Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA 提交 2022-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 114–308（195 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350 0.1M Bis-Tris, pH5.5
分辨率 1.65 Å R-free 0.214

共 13 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUF60_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–199； UniProt 119–314

peptide of Far upstream element-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96AE4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 27–52 片段：UNP residues 27-52 Poly(U)-binding-splicing factor PUF60 × 1 （Q9UHX1） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR测量条件：pH 8；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR样品组成：0.6 mM [U-15N] protein_1-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 1.25 mM protein_2-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：mM [U-13C; U-15N] protein_1-6, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM TCEP-9, mM protein_2-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3 mM [U-13C; U-15N] protein_2-11, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-12, 50 mM sodium chloride-13, 2 mM TCEP-14, mM protein_1-15, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：mM [U-13C; U-15N] protein_1-16, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM TCEP-19, mM protein_2-20, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KXH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J4W COMPLEX OF THE KH3 and KH4 DOMAINS OF FBP WITH A SINGLE_STRANDED 29mer DNA OLIGONUCLEOTIDE FROM THE FUSE ELEMENT OF THE C-MYC ONCOGENE 提交 2001-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 278–447（170 aa） 片段：RESIDUES 278-447, NUMBERERED 5-174. KH3 AND KH4 DOMAINS.
突变：C59A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
4LIJ Crystal structure of a far upstream element (FUSE) binding protein 1 (FUBP1) from Homo sapiens at 1.95 A resolution 提交 2013-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 86–174（89 aa） 片段：UNP residues 86-174
链 B 86–174（89 aa） 片段：UNP residues 86-174
链 C 86–174（89 aa） 片段：UNP residues 86-174
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20.00% Glycerol, 1.60M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.199
4LIJ Crystal structure of a far upstream element (FUSE) binding protein 1 (FUBP1) from Homo sapiens at 1.95 A resolution 提交 2013-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 86–174（89 aa） 片段：UNP residues 86-174
链 B 86–174（89 aa） 片段：UNP residues 86-174
链 C 86–174（89 aa） 片段：UNP residues 86-174
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20.00% Glycerol, 1.60M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.199
6Y24 Crystal structure of fourth KH domain of FUBP1 提交 2020-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 365–455（91 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.1 M sodium formate
分辨率 1.86 Å R-free 0.243
6Y2C Crystal structure of the third KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 260–350（91 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 6000, 10% ethylene glycol, 0.015M Zinkchlorid, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
6Y2C Crystal structure of the third KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 260–350（91 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 6000, 10% ethylene glycol, 0.015M Zinkchlorid, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 185–259（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 185–259（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 185–259（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 185–259（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
8P25 Solution structure of a chimeric U2AF2 RRM2 / FUBP1 N-Box 提交 2023-05-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–56（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FUBP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 6–31； UniProt 27–52

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kxh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kxh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kxh
沉积日期 deposition_date2010-05-05
结构标题 titleSolution structure of the first two RRM domains of FIR in the complex with FBP Nbox peptide
关键词 keywordsRRM, FIR, FBP, protein-protein complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.86 Å
零角强度 I(0) i03548720000.00
分子量 molecular_weight501130.0 kDa
排除体积 excluded_volume625220 ų
包络体积 envelope_volume78819 ų
水化壳体积 shell_volume28078 ų
包络直径 envelope_diameter72.4 Å
壳层 Rg shell_rg30.72 Å
包络 Rg envelope_rg23.24 Å
形状 Rg shape_rg18.81 Å
总 Rg total_rg19.20 Å
总原子数 total_atoms70200
残基数 n_residues4600
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3549000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7314
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.2 Å
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2139000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.356; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2kxha1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2kxha2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2kxha3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2kxhA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id2kxhA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)