2kz1

Inter-molecular interactions in a 44 kDa interferon-receptor complex detected by asymmetric back-protonation and 2D NOESY

Method: SOLUTION NMR Dmax: 84.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interferon alpha-2

Homo sapiens

UniProt P01563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–188 未记录 Soluble IFN alpha/beta receptor × 1 (Q15467) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 8;305 K;离子强度(mmCIF原始值)25;压力 ambient NMR样品组成:0.25 mM [U-99% 2H] Interferon alpha, 0.25 mM [U-99% 2H] Soluble IFN alpha/beta receptor, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.25 MM [U-99% 2H, 1H-K,R,L,A,M] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [U-99% 2H, 1H-H,F,W] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.25 MM [U-99% 2H, 1H-L] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [U-99% 2H, 1H-H,W] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.25 MM [15N] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [1H] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:0.25 MM [1H] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [15N] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IFNA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–165; UniProt 24–188

Soluble IFN alpha/beta receptor

Homo sapiens

UniProt Q15467

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 28–239 未记录 Interferon alpha-2 × 1 (P01563) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 8;305 K;离子强度(mmCIF原始值)25;压力 ambient NMR样品组成:0.25 mM [U-99% 2H] Interferon alpha, 0.25 mM [U-99% 2H] Soluble IFN alpha/beta receptor, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.25 MM [U-99% 2H, 1H-K,R,L,A,M] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [U-99% 2H, 1H-H,F,W] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.25 MM [U-99% 2H, 1H-L] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [U-99% 2H, 1H-H,W] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.25 MM [15N] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [1H] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:0.25 MM [1H] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [15N] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q15467_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–212; UniProt 28–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kz1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kz1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kz1
沉积日期 deposition_date2010-06-10
结构标题 titleInter-molecular interactions in a 44 kDa interferon-receptor complex detected by asymmetric back-protonation and 2D NOESY
关键词 keywordsINTERFERON, RECEPTOR, DOCKING, COMPLEX, ANTIVIRAL DEFENSE, CYTOKINE, DISULFIDE BOND, GLYCOPROTEIN, SECRETED, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.19
零角强度 I(0) i02295940000.00
分子量 molecular_weight416340.0 kDa
排除体积 excluded_volume524410 ų
包络体积 envelope_volume76156 ų
水化壳体积 shell_volume27064 ų
包络直径 envelope_diameter83.3
壳层 Rg shell_rg30.69
包络 Rg envelope_rg23.92
形状 Rg shape_rg23.17
总 Rg total_rg23.36
总原子数 total_atoms58230
残基数 n_residues3610
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.2
Rg (实空间) rg_real23.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real2.2960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2296000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7814
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.253
峰度 Kurtosis kurtosis-0.497
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5365000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.911; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2kz1a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.3 — Interferons/interleukin-10 (IL-10)
结构域编号 domain_idd2kz1b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd2kz1b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2kz1A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id2kz1B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2kz1B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)