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2l2y

Thiostrepton, epimer form of residue 9

Method: SOLUTION NMR Dmax: 22.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiostrepton

物种未注明

UniProt P0C8P8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–16 片段：residues 1-16 突变：(DCY)9C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：298 K；压力 ambient NMR样品组成：10 mM thiostrepton (epi,9), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2L2Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1E9W Structure of the macrocycle thiostrepton solved using the anomalous dispersive contribution from sulfur 提交 2000-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–17（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；1ML 15.38MG/ML THIOSTREPTON IN CHLOROFORM_ISOAMYL ALCOHOL + 100 MICROL GLYCEROL + 200 MICROL ETHANOL. BATCH METHOD, pH 7.00
分辨率 1.02 Å R-free 0.142
1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–17（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 实验方法未声明
NMR测量条件 pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1
分辨率未提供
2JQ7 Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA 提交 2007-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 C 1–17（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1
NMR样品组成 0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2L2W Thiostrepton 提交 2010-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–17（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM thiostrepton, chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
分辨率未提供
2L2X Thiostrepton, oxidized at CA-CB bond of residue 9 提交 2010-08-27 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–16（16 aa） 片段：residues 1-16
突变：(DCY)9(BB9) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM thiostrepton (BB9, 9), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
分辨率未提供
2L2Z Thiostrepton, reduced at N-CA bond of residue 14 提交 2010-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–17（17 aa）
突变：(MH6)14(DSN) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM thiostrepton (DSN 14), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
分辨率未提供
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 5 1–17（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.30 Å R-free 0.318
4HP2 Invariom refinement of a new dimeric monoclinic 2 solvate of thiostrepton at 0.64 angstrom resolution 提交 2012-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 56–72（17 aa） 片段：UNP RESIDUES 56-72
链 B 56–72（17 aa） 片段：UNP RESIDUES 56-72
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DMF DIMETHYLFORMAMIDE × 8 ETZ diethyl ether × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；DIMETHYLFORMAMID, DIETHYLETHER, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
分辨率 0.64 Å
5D8H CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH ANTIBIOTIC THIOSTREPTON 提交 2015-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 D 0–18（19 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% glycerol, 1 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 0.125 mM CTAB
分辨率 2.80 Å R-free 0.245

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THCL_STRAJ
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–17； UniProt 1–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2l2y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2l2y
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2l2y
沉积日期 deposition_date2010-08-27
结构标题 titleThiostrepton, epimer form of residue 9
关键词 keywordsNatural antibiotic, Thiopeptide, Antibiotic, Antimicrobial, ANTIBACTERIAL, thiazole, thiazoline; ANTIBIOTIC
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier5.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron6.79 Å
零角强度 I(0) i017229600.00
分子量 molecular_weight32340.0 kDa
排除体积 excluded_volume39344 ų
包络体积 envelope_volume2105 ų
水化壳体积 shell_volume3124 ų
包络直径 envelope_diameter25.3 Å
壳层 Rg shell_rg11.02 Å
包络 Rg envelope_rg7.60 Å
形状 Rg shape_rg6.73 Å
总 Rg total_rg7.11 Å
总原子数 total_atoms3820
残基数 n_residues140
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax22.3 Å
Rg (实空间) rg_real5.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal5.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17230000.0000
解质量估计 total_estimate0.7170
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary7.3 Å
偏度 Skewness skewness0.363
峰度 Kurtosis kurtosis-0.544
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha621.8000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.563; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.632; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)