2l3h

NMR Structure in a Membrane Environment Reveals Putative Amyloidogenic Regions of the SEVI Precursor Peptide PAP248-286

Method: SOLUTION NMR Dmax: 63.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostatic acid phosphatase

物种未注明

UniProt P15309

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 248–286 片段:UNP residues 248-286 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.3;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 ambient NMR样品组成:2.5 mM PAP248-286-1, 120 mM sodium chloride-2, 20 mM sodium phosphate-3, 200 mM [U-99% 2H] SDS-4, 10 % [U-99% 2H] D2O-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPAP_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–39; UniProt 248–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2l3h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2l3h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2l3h
沉积日期 deposition_date2010-09-13
结构标题 titleNMR Structure in a Membrane Environment Reveals Putative Amyloidogenic Regions of the SEVI Precursor Peptide PAP248-286
关键词 keywordsSEVI, PAP248-286, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.97
零角强度 I(0) i020398000.00
分子量 molecular_weight36460.0 kDa
排除体积 excluded_volume46488 ų
包络体积 envelope_volume33435 ų
水化壳体积 shell_volume15812 ų
包络直径 envelope_diameter69.0
壳层 Rg shell_rg23.82
包络 Rg envelope_rg18.72
形状 Rg shape_rg15.92
总 Rg total_rg17.06
总原子数 total_atoms4760
残基数 n_residues312
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.5
Rg (实空间) rg_real16.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real2.0400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20400000.0000
解质量估计 total_estimate0.5713
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.5
偏度 Skewness skewness0.266
峰度 Kurtosis kurtosis-0.082
角度范围 angular_range— – 0.4850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60070.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.433; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.409; Positv: 1.000; Valcen: 0.897; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)