SAXSdb — 2l45

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-TERMINAL ZINC KNUCLE OF THE HIV-NCP7

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 411–429	未记录	;DNA (5'-D(PTPAPCPGPCPC)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6.0；压力 ambient NMR样品组成：1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L45	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L44 C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7 提交 2010-10-01	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–429（19 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6；压力 ambient NMR样品组成 1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L46 C-terminal zinc finger of the HIVNCp7 with platinated DNA 提交 2010-10-01	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 411–429（19 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）6.0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3OUA MDR769 HIV-1 protease complexed with p1/p6 hepta-peptide 提交 2010-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 446–452（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 01 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3OUC MDR769 HIV-1 protease complexed with p2/NC hepta-peptide 提交 2010-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 375–381（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.8M NaCl 0.1 M MES , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
3P9G Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA459 peptide 提交 2010-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 453–461（9 aa）片段：Modified HIV-1 Gag PTAP Motif	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
3P9H Crystal structure of the TSG101 UEV domain in complex with FA258 peptide 提交 2010-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 453–461（9 aa）片段：Modified HIV-1 Gag PTAP Motif	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 25% PEG 3350, 0.2M SODIUM NITRATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
4EP3 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate CA-p2 提交 2012-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 359–367（9 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
4EPJ Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 374–381（8 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.69 Å R-free 0.227
4EQ0 Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 374–381（8 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
4FAE Substrate p2/NC in Complex with a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant 提交 2012-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 375–381（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；0.1 M citric acid, 2.4 M ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9YP46_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–19； UniProt 411–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2l45
沉积日期 deposition_date	2010-10-01
结构标题 title	C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7 with DNA
关键词 keywords	NCP7, HIV, Platinum, VIRAL PROTEIN-DNA complex; VIRAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.15 Å
零角强度 I(0) i0	160912000.00
分子量 molecular_weight	76916.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83866 Å³
包络体积 envelope_volume	9525 Å³
水化壳体积 shell_volume	7687 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.5 Å
壳层 Rg shell_rg	16.26 Å
包络 Rg envelope_rg	11.53 Å
形状 Rg shape_rg	9.19 Å
总 Rg total_rg	9.27 Å
总原子数 total_atoms	9196
残基数 n_residues	475
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	35.1 Å
Rg (实空间) rg_real	9.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	9.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8134
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	10.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.325
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.221
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35970.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.606; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.758; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-TERMINAL ZINC KNUCLE OF THE HIV-NCP7
分子量 formula_weight	2230.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9196

KGCWKCGKEGHQMKDCTER

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPAPCPGPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	1769.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TACGCC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/l4/2l45/2l45.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l4/2l45/2l45.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l4/2l45/2l45.dat

C-terminal zinc knuckle of the HIVNCp7 with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-TERMINAL ZINC KNUCLE OF THE HIV-NCP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)