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2l58

Solution structure of the cytosolic fragment 22-53 of Bcl-2 member Harakiri

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activator of apoptosis harakiri

物种未注明

UniProt O00198

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–53 片段：UNP residues 22-53 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：1.0-1.5 mM Hrk-22_53, 0.1 mM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 35% v/v d3 TFE, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.0-1.5 mM Hrk-22_53, 0.1 mM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 35% v/v d2 TFE, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2L58 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2L5B Solution structure of the transmembrane domain of Bcl-2 member Harakiri in micelles 提交 2010-10-29 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–91（31 aa） 片段：UNP Residues 61-91
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.2；323 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成 1.0-1.5 mM Hrk-TM, 200 mM D25 SDS, 5 mM D15 TCEP, 0.1 mM sodium azide, 35% v/v D3 methanol, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0-1.5 mM Hrk-TM, 200 mM D25 SDS, 0.1 mM sodium azide, 5 mM D15 TCEP, 35% v/v D4 methanol, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6XY4 Structural insight into sheep-pox virus mediated inhibition of apoptosis 提交 2020-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–51（26 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/vPEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.234
7P0U ORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 peptide 提交 2021-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 26–51（26 aa）
链 U 26–51（26 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350
分辨率 1.99 Å R-free 0.274
7P0U ORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 peptide 提交 2021-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–51（26 aa）
链 G 26–51（26 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350
分辨率 1.99 Å R-free 0.274
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 27–50（24 aa）
链 F 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 27–50（24 aa）
链 H 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 27–50（24 aa）
链 M 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LGU Crystal structure of Bcl-xL in complex with stapled HRK peptide 提交 2025-01-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 27–50（24 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 (w/v)
分辨率 2.97 Å R-free 0.303
9LI8 Crystal structure of Bcl-xL in complex with HRK BH3 peptide 提交 2025-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 27–51（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3350.
分辨率 2.32 Å R-free 0.264
9UGP Crystal structure of MCL-1 in complex with HRK BH3 提交 2025-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 27–51（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000
分辨率 1.39 Å R-free 0.197

共 6 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HRK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–32； UniProt 22–53

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2l58

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2l58
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2l58
沉积日期 deposition_date2010-10-28
结构标题 titleSolution structure of the cytosolic fragment 22-53 of Bcl-2 member Harakiri
关键词 keywordsApoptosis, Bcl-2, BH3-only, Harakiri, intrinsically disordered protein; APOPTOSIS
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.24 Å
零角强度 I(0) i091710600.00
分子量 molecular_weight74488.0 kDa
排除体积 excluded_volume91870 ų
包络体积 envelope_volume17603 ų
水化壳体积 shell_volume8982 ų
包络直径 envelope_diameter62.9 Å
壳层 Rg shell_rg22.36 Å
包络 Rg envelope_rg19.78 Å
形状 Rg shape_rg15.18 Å
总 Rg total_rg15.66 Å
总原子数 total_atoms10840
残基数 n_residues640
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.1 Å
Rg (实空间) rg_real15.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91710000.0000
解质量估计 total_estimate0.6329
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary8.2 Å
偏度 Skewness skewness0.597
峰度 Kurtosis kurtosis-0.537
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.081; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.002; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)