2l6z

haddock model of GATA1NF:Lmo2LIM2-Ldb1LID with FOG

Method: SOLUTION NMR D_max: 74.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2l6z
沉积日期 deposition_date	2010-12-01
结构标题 title	haddock model of GATA1NF:Lmo2LIM2-Ldb1LID with FOG
关键词 keywords	gata-1, ldb1, lmo2, fog-1, Transcription regulation-ONCOPROTEIN complex; Transcription regulation/ONCOPROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.23 Å
零角强度 I(0) i0	604706000.00
分子量 molecular_weight	191830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	233390 Å³
包络体积 envelope_volume	45842 Å³
水化壳体积 shell_volume	18529 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.57 Å
包络 Rg envelope_rg	22.87 Å
形状 Rg shape_rg	19.22 Å
总 Rg total_rg	19.43 Å
总原子数 total_atoms	25890
残基数 n_residues	1710
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	604700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7062
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	17.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.414
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.193
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	956400.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.565; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.486; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Erythroid transcription factor
分子量 formula_weight	4418.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25890

EARECVNCGATATPLWRRDRTGHYLCNACGLYHKMNGQN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger protein ush
分子量 formula_weight	3961.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSLLKPARFMCLPCGIAFSSPSTLEAHQAYYCSHRI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	LIM domain only 2, linker, LIM domain-binding protein 1
分子量 formula_weight	10564.1 kDa
突变 mutation	C130S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

YLRLFGQDGLCASCDKRIRAYEMTMRVKDKVYHLECFKCAACQKHFSVGDRYLLINSDIVCEQDIYEWTKINGGSGGSGGSGGDVMVVGEPTLMGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2l6zC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

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7. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/l6/2l6z/2l6z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l6/2l6z/2l6z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l6/2l6z/2l6z.dat

haddock model of GATA1NF:Lmo2LIM2-Ldb1LID with FOG

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)