SAXSdb — 2l9u

Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 639–670 链 B； UniProt 639–670	片段：UNP RESIDUES 640-670 突变：K639R	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB3tm-1, 1 mM ErbB3tm-2, 80 mM [U-99% 2H] DPC-3, 1 mM sodium azide-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB3tm-5, 1 mM ErbB3tm-6, 80 mM [U-99% 2H] DPC-7, 1 mM sodium azide-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L9U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M6B Structure of the HER3 (ERBB3) Extracellular Domain 提交 2002-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–640（621 aa）片段：Extracellular Domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
1M6B Structure of the HER3 (ERBB3) Extracellular Domain 提交 2002-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–640（621 aa）片段：Extracellular Domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
3KEX Crystal structure of the catalytically inactive kinase domain of the human epidermal growth factor receptor 3 (HER3) 提交 2009-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 698–1019（322 aa）片段：UNP residues 698-1019 链 B 698–1019（322 aa）片段：UNP residues 698-1019	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5mM AMP-PNP, 2mM MgCl2, 1mM DTT, 1mM TCEP, 0.1M Tris pH8.5, 0.2M lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350 supplemented with 0.2% w/v 1,2- Diaminocyclohexane sulfate, 0.2% w/v Diloxanite Furoate, 0.2% w/v Fumaric Acid, 0.2% w/v Spermine, 0.2% w/v Sulfaguanidine, 0.02M Hepes sodium pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3KEX Crystal structure of the catalytically inactive kinase domain of the human epidermal growth factor receptor 3 (HER3) 提交 2009-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 698–1019（322 aa）片段：UNP residues 698-1019 链 B 698–1019（322 aa）片段：UNP residues 698-1019	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5mM AMP-PNP, 2mM MgCl2, 1mM DTT, 1mM TCEP, 0.1M Tris pH8.5, 0.2M lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350 supplemented with 0.2% w/v 1,2- Diaminocyclohexane sulfate, 0.2% w/v Diloxanite Furoate, 0.2% w/v Fumaric Acid, 0.2% w/v Spermine, 0.2% w/v Sulfaguanidine, 0.02M Hepes sodium pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
3LMG Crystal structure of the ERBB3 kinase domain in complex with AMP-PNP 提交 2010-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 684–1020（337 aa）片段：Tyrosine Kinase Domain (UNP residues 684-1020)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；50 mM MOPS pH7.4, 27% (w/v) PEG8000, 0.17 M ammonium sulfate and 15%(v/v) glycerol in well solution and 5mM MgCl2 and 1mM AMP-PNP in protein solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
3LMG Crystal structure of the ERBB3 kinase domain in complex with AMP-PNP 提交 2010-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 684–1020（337 aa）片段：Tyrosine Kinase Domain (UNP residues 684-1020)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；50 mM MOPS pH7.4, 27% (w/v) PEG8000, 0.17 M ammonium sulfate and 15%(v/v) glycerol in well solution and 5mM MgCl2 and 1mM AMP-PNP in protein solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
3P11 anti-EGFR/HER3 Fab DL11 in complex with domains I-III of the HER3 extracellular region 提交 2010-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–532（513 aa）片段：domains I-III, UNP residues 20-532	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；295 K；PEG 1500, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.70 Å R-free 0.323
4LEO Crystal structure of anti-HER3 Fab RG7116 in complex with the extracellular domains of human Her3 (ERBB3) 提交 2013-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–631（612 aa）片段：UNP residues 20-631	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 , pH pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.64 Å R-free 0.258
4P59 HER3 extracellular domain in complex with Fab fragment of MOR09825 提交 2014-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–646（627 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM bis-tris pH 6.5, 16% (w/v) PEG 10000	分辨率 3.40 Å R-free 0.250
4RIW Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer 提交 2014-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 698–1020（323 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 14% PEG-6000, 0.2M magnesium chloride, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
4RIW Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer 提交 2014-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 698–1020（323 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；7 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 14% PEG-6000, 0.2M magnesium chloride, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.287
4RIX Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer containing the cancer-associated HER3-Q790R mutation 提交 2014-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 698–1020（323 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020	突变：Q790R	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 15% PEG-5000 MME, 5mM magnesium chloride, 0.5M ammonium acetate, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
4RIX Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer containing the cancer-associated HER3-Q790R mutation 提交 2014-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 698–1020（323 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020	突变：Q790R	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 15% PEG-5000 MME, 5mM magnesium chloride, 0.5M ammonium acetate, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
4RIY Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer containing the cancer-associated HER3-E909G mutation 提交 2014-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 698–1020（323 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020	突变：E909G	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 15% PEG-5000 MME, 5mM magnesium chloride, 0.5M ammonium acetate, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.98 Å R-free 0.267
4RIY Crystal structure of an EGFR/HER3 kinase domain heterodimer containing the cancer-associated HER3-E909G mutation 提交 2014-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 698–1020（323 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP residues 698-1020	突变：E909G	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10 mg/mL protein, 0.1M HEPES pH 7.5, 15% PEG-5000 MME, 5mM magnesium chloride, 0.5M ammonium acetate, 2mM AMP-PNP, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.98 Å R-free 0.267
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–641（622 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–641（622 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–641（622 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 20–641（622 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5O4O HER3 in complex with Fab MF3178 提交 2017-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–643（643 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M bis tris propane pH 8.5, 0.2 M potassium thyocianate and 20% w/v PEG 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
5O7P HER3 in complex with Fab MF3178 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–643（643 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M bis tris propane pH 7.5, 0.15 sodium citrate, 20% w/v PEG 3350	分辨率 4.50 Å R-free 0.296
6KBI Crystal structure of ErbB3 N418Q mutant 提交 2019-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–639（620 aa）链 B 20–639（620 aa）	突变：N418Q 突变：N418Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris buffer (pH 8.5) and 11% (w/v) PEG4000.	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
6OP9 HER3 pseudokinase domain bound to bosutinib 提交 2019-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 674–1001（328 aa）	未记录	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298 K；10% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.7	分辨率 2.50 Å R-free 0.230
7BHE DARPin_D5/Her3 domain 4 complex, monoclinic crystals 提交 2021-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 500–643（144 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.83；293 K；0.1 M Na citrate, 12% PEG4000, 0.2 M Li sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
7BHE DARPin_D5/Her3 domain 4 complex, monoclinic crystals 提交 2021-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 500–643（144 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.83；293 K；0.1 M Na citrate, 12% PEG4000, 0.2 M Li sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
7BHF DARPin_D5/Her3 domain 4 complex, orthorhombic crystals 提交 2021-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 441–571（131 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.74；293 K；0.1 M Na citrate, 10% PEG4000, 0.2 M Li sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
7BHF DARPin_D5/Her3 domain 4 complex, orthorhombic crystals 提交 2021-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 441–571（131 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.74；293 K；0.1 M Na citrate, 10% PEG4000, 0.2 M Li sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
7D85 Crystal structure of anti-ErbB3 Fab ISU104 in complex with human ErbB3 extracellular domain 3 提交 2020-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 328–519（192 aa）片段：extracellular domain 3	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium acetate, 20%(w/v) PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
7D85 Crystal structure of anti-ErbB3 Fab ISU104 in complex with human ErbB3 extracellular domain 3 提交 2020-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 328–519（192 aa）片段：extracellular domain 3	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium acetate, 20%(w/v) PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.258
7MN5 Structure of the HER2/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2021-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1021（1021 aa）片段：Extracellular Domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
7MN6 Structure of the HER2 S310F/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2021-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1021（1021 aa）片段：Extracellular Domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
7MN8 Structure of the HER2/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain bound to Trastuzumab Fab 提交 2021-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1021（1021 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8YRY HER3 in complex with FAb Hu3f8 提交 2024-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 71–205（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
9I1Q HER3 receptor in complex with the Fab fragment of TK-hu A3 monoclonal antibody 提交 2025-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–643（624 aa）链 C 20–643（624 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M KSCN, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 8.5, 14% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.263
9I1Q HER3 receptor in complex with the Fab fragment of TK-hu A3 monoclonal antibody 提交 2025-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–643（624 aa）链 D 20–643（624 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 SCN THIOCYANATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M KSCN, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 8.5, 14% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.263

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UniProt名称	ERBB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–34； UniProt 639–670 作者链 B； PDB构建体 3–34； UniProt 639–670

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条目编号 entry_id	2l9u
沉积日期 deposition_date	2011-02-24
结构标题 title	Spatial structure of dimeric ErbB3 transmembrane domain
关键词 keywords	transmenbrane dimer, membrane protein, ErbB, EGFR; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.21 Å
零角强度 I(0) i0	482495000.00
分子量 molecular_weight	187190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	235050 Å³
包络体积 envelope_volume	35319 Å³
水化壳体积 shell_volume	13423 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.00 Å
包络 Rg envelope_rg	24.50 Å
形状 Rg shape_rg	19.16 Å
总 Rg total_rg	19.58 Å
总原子数 total_atoms	26400
残基数 n_residues	1600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	70.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	482500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5083
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.515
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70660.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.489; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.260; Positv: 1.000; Valcen: 0.360; Smooth: 0.000

描述 description	Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3
分子量 formula_weight	4703.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	K639R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	26400

Spatial structure of dimeric ErbB3 transmembrane domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	cell-free synthesis

结构域编号 domain_id	2l9uA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain

fit	/app/data/saxs_computation/l9/2l9u/2l9u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l9/2l9u/2l9u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l9/2l9u/2l9u.dat