2lb3

Structure of the WW domain of PIN1 in complex with a human phosphorylated Smad3 derived peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

Homo sapiens

UniProt Q13526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 6–41 片段:residues 6-41 Mothers against decapentaplegic homolog 2 × 1 (Q15796) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;285 K;离子强度(mmCIF原始值)0.420;压力 ambient NMR样品组成:1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 189 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–36; UniProt 6–41

Mothers against decapentaplegic homolog 2

物种未注明

UniProt Q15796

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 217–224 片段:residues 176-183 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 × 1 (Q13526) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;285 K;离子强度(mmCIF原始值)0.420;压力 ambient NMR样品组成:1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMAD2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–8; UniProt 217–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lb3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lb3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lb3
沉积日期 deposition_date2011-03-22
结构标题 titleStructure of the WW domain of PIN1 in complex with a human phosphorylated Smad3 derived peptide
关键词 keywordsPIN1, SMAD, CDK, signal transduction, SIGNALING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex; SIGNALING PROTEIN/TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.20
零角强度 I(0) i0169733000.00
分子量 molecular_weight102310.0 kDa
排除体积 excluded_volume125020 ų
包络体积 envelope_volume12672 ų
水化壳体积 shell_volume9120 ų
包络直径 envelope_diameter41.8
壳层 Rg shell_rg17.51
包络 Rg envelope_rg12.66
形状 Rg shape_rg10.13
总 Rg total_rg10.63
总原子数 total_atoms14020
残基数 n_residues860
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.2
Rg (实空间) rg_real10.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.6970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal169700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8372
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary12.1
偏度 Skewness skewness0.191
峰度 Kurtosis kurtosis-0.432
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38040.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.847; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)