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2len

Solution structure of UCHL1 S18Y variant

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

Homo sapiens

UniProt P09936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–223 突变：S18Y 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：0.7-0.8mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UCHL1 S18Y variant-1, 20mM sodium phosphate-2, 100mM sodium chloride-3, 3mM DTT-4, 90% H2O-5, 10% D2O-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 2LEN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–223（223 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
3IFW Crystal structure of the S18Y variant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester. 提交 2009-07-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：S18Y GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
3IRT Crystal Structure of the I93M Mutant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2009-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：I93M CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M TRIS Hydrochloride, 0.1 M Sodium Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3IRT Crystal Structure of the I93M Mutant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2009-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
突变：I93M CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M TRIS Hydrochloride, 0.1 M Sodium Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3KVF Crystal structure of the I93M mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：I93M GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
3KW5 Crystal structure of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.286
4DM9 The Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal hydrolase L1 (UCHL1) bound to a tripeptide fluoromethyl ketone Z-VAE(OMe)-FMK 提交 2012-02-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.35 Å R-free 0.250
4DM9 The Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal hydrolase L1 (UCHL1) bound to a tripeptide fluoromethyl ketone Z-VAE(OMe)-FMK 提交 2012-02-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–223（223 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.35 Å R-free 0.250
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：S18Y SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
突变：S18Y SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–223（223 aa）
突变：S18Y SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–223（223 aa）
突变：S18Y SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7ZM0 Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor 提交 2022-04-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 1–223（223 aa）
突变：lysine-dimethylated JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4
分辨率 2.24 Å R-free 0.288
8DY8 Crystal structure of the R178Q mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2022-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：R178Q SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
8DY8 Crystal structure of the R178Q mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2022-08-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
突变：R178Q SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
8EDE Crystal structure of covalent inhibitor 2-chloro-N'-(N-(4-chlorophenyl)-N-methylglycyl)acetohydrazide bound to Ubiquitin C-terminal Hydrolase-L1 提交 2022-09-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 WEU 2-[(4-chlorophenyl)-methyl-amino]-~{N}'-ethanoyl-ethanehydrazide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；0.1M tri-Sodium citrate 2.4M Ammonium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
8EDE Crystal structure of covalent inhibitor 2-chloro-N'-(N-(4-chlorophenyl)-N-methylglycyl)acetohydrazide bound to Ubiquitin C-terminal Hydrolase-L1 提交 2022-09-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
未记录 WEU 2-[(4-chlorophenyl)-methyl-amino]-~{N}'-ethanoyl-ethanehydrazide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；0.1M tri-Sodium citrate 2.4M Ammonium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 1–223（223 aa）
未记录 GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8XI7 The Crystal Structure of UCHL1 from Biortus. 提交 2023-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
链 B 1–223（223 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.1M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 100mM HEPES, pH 7.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.231
9O4M Crystal structure of Ubiquitin Carboxy Terminal Hydrolase L1 Q209C mutant covalently crosslinked to ubiquitin genetically encoded with N6-(6-bromohexanoyl)-L-lysine 提交 2025-04-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–223（223 aa）
突变：Q209C 6NA HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
分辨率 2.00 Å R-free 0.262
9O4M Crystal structure of Ubiquitin Carboxy Terminal Hydrolase L1 Q209C mutant covalently crosslinked to ubiquitin genetically encoded with N6-(6-bromohexanoyl)-L-lysine 提交 2025-04-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
突变：Q209C 6NA HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid
分辨率 2.00 Å R-free 0.262

共 13 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UCHL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2len

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2len
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2len
沉积日期 deposition_date2011-06-19
结构标题 titleSolution structure of UCHL1 S18Y variant
关键词 keywordshydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.71 Å
零角强度 I(0) i03867550000.00
分子量 molecular_weight519130.0 kDa
排除体积 excluded_volume645200 ų
包络体积 envelope_volume70022 ų
水化壳体积 shell_volume26921 ų
包络直径 envelope_diameter68.3 Å
壳层 Rg shell_rg28.82 Å
包络 Rg envelope_rg21.14 Å
形状 Rg shape_rg17.71 Å
总 Rg total_rg17.86 Å
总原子数 total_atoms65840
残基数 n_residues4620
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3868000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7942
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.4 Å
偏度 Skewness skewness0.077
峰度 Kurtosis kurtosis-0.387
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2890000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2lena1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.6 — Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase UCH-L
结构域编号 domain_idd2lena2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lenA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology532 — Ubiquitin C-terminal Hydrolase UCH-l3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)