← 返回搜索
2lf1

Solution structure of L. casei dihydrofolate reductase complexed with NADPH, 30 structures

Method: SOLUTION NMR Dmax: 50.3 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate reductase

Lactobacillus casei

UniProt P00381

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–163 未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DHFR, 2 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DHFR, 2 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：2 mM [U-99% 15N] DHFR, 2 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：4 mM DHFR, 4 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 15N] DHFR, 1 mM NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE, 100 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 5 v/v n-octylpenta-ethylene glycol (C8E5), 1.5 v/v n-octanol, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LF1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AO8 DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH METHOTREXATE, NMR, 21 STRUCTURES 提交 1997-07-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 MTX METHOTREXATE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM
分辨率未提供
1BZF NMR SOLUTION STRUCTURE AND DYNAMICS OF THE COMPLEX OF LACTOBACILLUS CASEI DIHYDROFOLATE REDUCTASE WITH THE NEW LIPOPHILIC ANTIFOLATE DRUG TRIMETREXATE, 22 STRUCTURES 提交 1998-10-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 TMQ TRIMETREXATE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）550 mM；压力 1
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O, 100% D2O
分辨率未提供
1DIS DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEX WITH BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE 提交 1995-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 BDM BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1DIU DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEX WITH BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE 提交 1995-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 BDM BRODIMOPRIM-4,6-DICARBOXYLATE × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1LUD SOLUTION STRUCTURE OF DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH TRIMETHOPRIM AND NADPH, 24 STRUCTURES 提交 2002-05-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 TRR 2,4-DIAMINO-5-(3,4,5-TRIMETHOXY-BENZYL)-PYRIMIDIN-1-IUM × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 ambient
NMR样品组成 3mM DHFR-15N/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM DHFR/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer | 100% D2O
NMR样品组成 0.5mM DHFR-15N/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer, 5% DMPC/DHPC (3:1) | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25mM DHFR-15N/TMP/NADPH, 50 mM phosphate buffer, 5% C12E5/hexanol | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2HM9 Solution structure of dihydrofolate reductase complexed with trimethoprim, 33 structures 提交 2006-07-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 TRR 2,4-DIAMINO-5-(3,4,5-TRIMETHOXY-BENZYL)-PYRIMIDIN-1-IUM × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM DHFR-15N/TMP, 50mM phosphate buffer, 5% DMPC/DHPC (3:1), 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM DHFR-15N/TMP, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM DHFR-15N/TMP, 50mM phosphate buffer, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2HQP Solution structure of L.casei dihydrofolate reductase complexed with NADPH, 32 structures 提交 2006-07-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM DHFR-15N/NADPH, 50mM phosphate buffer, 5% DMPC/DHPC, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM DHFR-15N/NADPH, 50mM phosphate buffer, 100% H2O | 100% H2O
NMR样品组成 1mM DHFR-15N/NADPH, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2L28 Solution structure of lactobacillus casei dihydrofolate reductase apo-form, 25 conformers 提交 2010-08-13 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–163（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM entity-1, 100 mM potassium chloride-2, 50 mM potassium phosphate-3, 0.1 % sodium azide-4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity-5, 100 mM potassium chloride-6, 50 mM potassium phosphate-7, 0.1 % sodium azide-8, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] entity-9, 100 mM potassium chloride-10, 50 mM potassium phosphate-11, 0.1 % sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] entity-13, 100 mM potassium chloride-14, 50 mM potassium phosphate-15, 0.1 % sodium azide-16, 5 % DMPC/DHPC-17, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
3DFR CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI AND LACTOBACILLUS CASEI DIHYDROFOLATE REDUCTASE REFINED AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION. I. GENERAL FEATURES AND BINDING OF METHOTREXATE 提交 1982-06-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–162（162 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 MTX METHOTREXATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYR_LACCA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 2–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lf1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lf1
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lf1
沉积日期 deposition_date2011-06-28
结构标题 titleSolution structure of L. casei dihydrofolate reductase complexed with NADPH, 30 structures
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, DHFR, positive cooperativity, protein-ligand interactions; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.52 Å
零角强度 I(0) i04672830000.00
分子量 molecular_weight571440.0 kDa
排除体积 excluded_volume708760 ų
包络体积 envelope_volume35839 ų
水化壳体积 shell_volume17667 ų
包络直径 envelope_diameter56.1 Å
壳层 Rg shell_rg23.19 Å
包络 Rg envelope_rg17.00 Å
形状 Rg shape_rg15.52 Å
总 Rg total_rg15.61 Å
总原子数 total_atoms79140
残基数 n_residues4860
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.3 Å
Rg (实空间) rg_real15.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real4.6730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4673000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8930
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.3 Å
偏度 Skewness skewness0.110
峰度 Kurtosis kurtosis-0.370
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha634400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.995
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2lf1a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family familyc.71.1.1 — Dihydrofolate reductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lf1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)