SAXSdb — 2lk6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Desulforedoxin

Desulfovibrio gigas

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–37 链 B； UniProt 2–37	未记录	CD CADMIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成：10 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LK6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CFW GA-SUBSTITUTED DESULFOREDOXIN 提交 1999-03-22	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–37（36 aa）链 B 2–37（36 aa）	未记录	GA GALLIUM (III) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.90 Å
1DCD DESULFOREDOXIN COMPLEXED WITH CD2+ 提交 1999-03-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–37（36 aa）链 B 2–37（36 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；30% ETHANOL, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5, 0.2 M CACL2, pH 5.0	分辨率 2.00 Å
1DHG HG-SUBSTITUTED DESULFOREDOXIN 提交 1999-03-22	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–37（36 aa）链 B 2–37（36 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.50 Å
1DXG CRYSTAL STRUCTURE OF DESULFOREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO GIGAS AT 1.8 A RESOLUTION 提交 1997-07-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–36（36 aa）链 B 1–36（36 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；10% PEG 4K, 0.1M SODIUM ACETATE (PH 4.5)	分辨率 1.80 Å R-free 0.187
2LK5 Solution structure of the Zn(II) form of Desulforedoxin 提交 2011-10-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–37（36 aa）链 B 2–37（36 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 2-4 mM protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DESR_DESGI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–36； UniProt 2–37 作者链 B； PDB构建体 1–36； UniProt 2–37

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2lk6
沉积日期 deposition_date	2011-10-07
结构标题 title	NMR determination of the global structure of the Cd-113 derivative of desulforedoxin
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.40 Å
零角强度 I(0) i0	343193000.00
分子量 molecular_weight	140250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167860 Å³
包络体积 envelope_volume	11912 Å³
水化壳体积 shell_volume	9140 Å³
包络直径 envelope_diameter	33.4 Å
壳层 Rg shell_rg	16.83 Å
包络 Rg envelope_rg	11.37 Å
形状 Rg shape_rg	10.43 Å
总 Rg total_rg	10.43 Å
总原子数 total_atoms	18288
残基数 n_residues	1296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	31.9 Å
Rg (实空间) rg_real	10.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	343200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8114
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.642
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34320.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 0.984; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2lk6a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.2 — Desulforedoxin

结构域编号 domain_id	d2lk6b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.2 — Desulforedoxin

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Desulforedoxin
分子量 formula_weight	3807.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	18288

来源生物 organism	Desulfovibrio gigas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	879
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/lk/2lk6/2lk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lk/2lk6/2lk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lk/2lk6/2lk6.dat

NMR determination of the global structure of the Cd-113 derivative of desulforedoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Desulforedoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)