SAXSdb — 2lox

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–115	片段：UNP residues 2-115	DNA repair protein RAD2 × 1 （P07276）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；300 K；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LOX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y5O NMR structure of the amino-terminal domain from the Tfb1 subunit of yeast TFIIH 提交 2004-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–115（115 aa）片段：sequence database residues 1-115	突变：M1P	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM SODIUM PHOSPHATE；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.2 MM TFB1 [UNLABELED], 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 1MM EDTA, 100% D2O; 1.2 MM TFB1 [U-15N], 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 1MM EDTA, 90% H2O, 10% D2O; 1.2 MM TFB1 [U-15N,13C], 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 1MM EDTA, 100% D2O	分辨率未提供
2GS0 NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and the activation domain of p53 提交 2006-04-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–115（115 aa）	突变：M1P	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM Tfb1 U-15N, 1.0 mM p53 unlabeled, 1.00 mM EDTA, 20 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM Tfb1 U-15N,13C, 1.0 mM p53 unlabeled, 1.00 mM EDTA, 20 mM phosphate buffer; 100% D20 \| 100% D20 NMR样品组成 1.0 mM p53 U-15N, 1.0 mM Tfb1 unlabeled, 1.00 mM EDTA, 20 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM p53 U-15N, 1.0 mM Tfb1 unlabeled, 1.00 mM EDTA, 20 mM phosphate buffer; 100% D20 \| 100% D20	分辨率未提供
2K2U NMR Structure of the complex between Tfb1 subunit of TFIIH and the activation domain of VP16 提交 2008-04-11	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–115（115 aa）片段：PH domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Sodium Phosphate；压力 Ambient NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 15N] Tfb1, 1.0 mM VP16, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Tfb1, 1.0 mM VP16, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 15N] VP16, 1.0 mM Tfb1, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VP16, 1.0 mM Tfb1, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2L2I NMR Structure of the complex between the Tfb1 subunit of TFIIH and the activation domain of EKLF 提交 2010-08-18	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–115（114 aa）片段：PH domain (UNP residues 2-115)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Sodium Phosphate；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 2 mM EKLF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 2 mM EKLF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 15N] EKLF, 1.2 mM Tfb1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EKLF, 1.2 mM Tfb1, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EKLF, 1.2 mM Tfb1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 2 mM EKLF, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2M14 NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad4 提交 2012-11-16	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–115（114 aa）片段：UNP residues 2-115	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad4, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MKR Structural Characterization of a Complex Between the Acidic Transactivation Domain of EBNA2 and the Tfb1/p62 subunit of TFIIH. 提交 2014-02-12	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–115（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] Tfb1, 2.1 mM EBNA2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-15N] Tfb1, 2.1 mM EBNA2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] Tfb1, 2.1 mM EBNA2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] EBNA2, 1.5 mM Tfb1, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] EBNA2, 1.5 mM Tfb1, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] EBNA2, 1.5 mM Tfb1, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT-24, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2N0Y NMR structure of the complex between the C-terminal domain of the Rift Valley fever virus protein NSs and the PH domain of the Tfb1 subunit of TFIIH 提交 2015-03-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–115（115 aa）片段：Pleckstrin homology domain residues 1-115	突变：M1P	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 2 mM Non-structural protein NS-S, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 2 mM Non-structural protein NS-S, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 1 mM Non-structural protein NS-S, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 0.5 mM [U-13C; U-15N] Non-structural protein NS-S, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 1 mM [U-13C; U-15N] Non-structural protein NS-S, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.4 mM RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 0.2 mM [U-15N] Non-structural protein NS-S, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N23 NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and the N-terminal activation domain of EKLF (TAD1) 提交 2015-04-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–115（114 aa）片段：Pleckstrin homology domain, UNP residues 2-115	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 2 mM N-terminal transactivation domain of Krueppel-like factor 1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 2 mM N-terminal transactivation domain of Krueppel-like factor 1, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] N-terminal transactivation domain of Krueppel-like factor 1, 2 mM RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] N-terminal transactivation domain of Krueppel-like factor 1, 2 mM RNA polymerase II transcription factor B subunit 1, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 1 1–218（218 aa）链 1 250–295（46 aa）链 1 537–642（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.	分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 1 1–121（121 aa）链 1 176–218（43 aa）链 1 250–295（46 aa）链 1 522–642（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.	分辨率 5.80 Å
5URN NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and the transactivation domain 1 of p65 提交 2017-02-11	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–115（114 aa）片段：PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, UNP RESIDUES 2-115	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 1.6 mM TRANSCRIPTION FACTOR P65, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TRANSCRIPTION FACTOR P65, 1.6 mM RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 1.6 mM TRANSCRIPTION FACTOR P65, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TRANSCRIPTION FACTOR P65, 1.6 mM RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT 1, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 1 1–218（218 aa）链 1 250–295（46 aa）链 1 537–642（106 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
7K01 Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex 提交 2020-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；Sample dialyzed for 30 minutes into above buffer prior to grid making cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were manually blotted for 2-3 seconds prior to plunge freezing	分辨率 3.90 Å
7K04 Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening 提交 2020-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 1 2–642（641 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manually blotted by Leica EM CPC	分辨率 9.25 Å
7M2U Nucleotide Excision Repair complex TFIIH Rad4-33 提交 2021-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.20 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7O4K Yeast TFIIH in the contracted state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7O4L Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 11 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 1 1–642（642 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–115； UniProt 2–115

DNA repair protein RAD2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P07276

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 642–690	片段：UNP residues 642-690	RNA polymerase II transcription factor B subunit 1 × 1 （P32776）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；300 K；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LOX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–111（110 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 A 732–986（255 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.310
4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–111（110 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 B 732–986（255 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.310
4Q0W he catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex II) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–111（110 aa）片段：Rad2 链 A 732–986（255 aa）片段：Rad2 链 B 2–111（110 aa）片段：Rad2 链 B 732–986（255 aa）片段：Rad2	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；9% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
4Q0Z The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 A 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 B 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 B 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
4Q0Z The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 E 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 F 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 F 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
4Q10 The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex IV) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–111（110 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 A 732–986（255 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 B 2–111（110 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 B 732–986（255 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；8% (w/v) PEG 8000, 18% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–51； UniProt 642–690

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2lox
沉积日期 deposition_date	2012-01-27
结构标题 title	NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad2
关键词 keywords	TRANSCRIPTION-HYDROLASE complex; TRANSCRIPTION/HYDROLASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.13 Å
零角强度 I(0) i0	1320840000.00
分子量 molecular_weight	302480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	376950 Å³
包络体积 envelope_volume	45478 Å³
水化壳体积 shell_volume	19358 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.6 Å
壳层 Rg shell_rg	26.51 Å
包络 Rg envelope_rg	20.94 Å
形状 Rg shape_rg	16.12 Å
总 Rg total_rg	16.34 Å
总原子数 total_atoms	42640
残基数 n_residues	2700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1321000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8021
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.238
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	520800.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
分子量 formula_weight	13249.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	42640

PSHSGAAIFEKVSGIIAINEDVSPAELTWRSTDGDKVHTVVLSTIDKLQATPASSEKMMLRLIGKVDESKKRKDNEGNEVVPKPQRHMFSFNNRTVMDNIKMTLQQIISRYKDADGNSS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD2
分子量 formula_weight	6014.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSEILERESEKESSNDENKDDDLEVLSEELFEDVPTKSQISKEAEDNDSRKY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2loxa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.9 — TFIIH domain

结构域编号 domain_id	d2loxa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2loxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/lo/2lox/2lox.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/2lox/2lox.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/2lox/2lox.dat

NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA repair protein RAD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)