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2m0o

The solution structure of human PHF1 in complex with H3K36me3

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

Homo sapiens

UniProt O43189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 6–83 未记录 H3K36me3 peptide × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成：0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHF1 tudor, 0.6-1.0 mM H3K36me3 peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2M0O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2E5P Solution structure of the TUDOR domain of PHD finger protein 1 (PHF1 protein) 提交 2006-12-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–83（55 aa） 片段：TUDOR domain, residues 8-62
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4HCZ PHF1 Tudor in complex with H3K36me3 提交 2012-10-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–85（58 aa） 片段：Tudor domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
4HCZ PHF1 Tudor in complex with H3K36me3 提交 2012-10-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–85（58 aa） 片段：Tudor domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
5XFN Structure of the N-terminal domains of PHF1 提交 2017-04-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–340（316 aa） 片段：UNP residues 25-340
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-pH 8.0, 10% PEG 3350, 22% ethylene glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.218
5XFO Structure of the N-terminal domains of PHF1 提交 2017-04-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–340（316 aa） 片段：UNP residues 25-340
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.0, 10% PEG 3350, 22% ethylene glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
未记录 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
未记录 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 AA 28–87（60 aa）
链 AC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 JA 28–87（60 aa）
链 JC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 KA 28–87（60 aa）
链 KC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 LA 28–87（60 aa）
链 LC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 13 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 MA 28–87（60 aa）
链 MC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 14 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 NA 28–87（60 aa）
链 NC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 15 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 OA 28–87（60 aa）
链 OC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 BA 28–87（60 aa）
链 BC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 CA 28–87（60 aa）
链 CC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 DA 28–87（60 aa）
链 DC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 EA 28–87（60 aa）
链 EC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 FA 28–87（60 aa）
链 FC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 GA 28–87（60 aa）
链 GC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 HA 28–87（60 aa）
链 HC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 IA 28–87（60 aa）
链 IC 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–87（60 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 28–87（60 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
分辨率 1.70 Å R-free 0.241
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–87（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–87（60 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 28–87（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 28–87（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 28–87（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 28–87（60 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 28–87（60 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 28–87（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000
分辨率 1.85 Å R-free 0.281

共 8 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–79； UniProt 6–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2m0o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2m0o
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2m0o
沉积日期 deposition_date2012-10-30
结构标题 titleThe solution structure of human PHF1 in complex with H3K36me3
关键词 keywordsTudor Domain, H3K36me3 binding, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.36 Å
零角强度 I(0) i0538496000.00
分子量 molecular_weight198430.0 kDa
排除体积 excluded_volume250510 ų
包络体积 envelope_volume88665 ų
水化壳体积 shell_volume29773 ų
包络直径 envelope_diameter103.1 Å
壳层 Rg shell_rg31.92 Å
包络 Rg envelope_rg25.39 Å
形状 Rg shape_rg16.32 Å
总 Rg total_rg17.19 Å
总原子数 total_atoms28120
残基数 n_residues1780
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.9 Å
Rg (实空间) rg_real15.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.08 Å
I(0) (实空间) i0_real5.1080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal538500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6816
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary16.3 Å
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.454
角度范围 angular_range— – 0.4650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha4.6850
最高正则化参数 α highest_alpha549900.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.006; Oscil: 0.973; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2m0oA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)