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2m13

The ZZ domain of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9BZB8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 504–566 片段：ZZ domain of CPEB1 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成：0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1-ZZ G-P-504, 20 mM TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1-ZZ T498S, 50 mM potassium phosphate, 200 mM potassium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2M13 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MKE Solution structure of CPEB1 ZZ domain in the free state 提交 2014-02-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 426–486（61 aa） 片段：UNP residues 426-486
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1ZZ-1, 0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1ZZ-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MKH Solution structure of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) in free state 提交 2014-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 219–434（216 aa） 片段：UNP residues 219-434
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 100 mM sodium chloride-1, 1 mM DTT-2, 1 mM magnesium sulphate-3, 50 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MKK Structural model of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) in complex with RNA 提交 2014-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 219–430（212 aa） 片段：UNP residues 219-430
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] CPEB1RRM12-1, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-2, 100 mM sodium chloride-3, 50 mM sodium phosphate-4, 1 mM DTT-5, 1 mM magnesium sulfate-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-7, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-8, 100 mM sodium chloride-9, 50 mM sodium phosphate-10, 1 mM DTT-11, 1 mM magnesium sulfate-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-13, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-14, 100 mM sodium chloride-15, 50 mM sodium phosphate-16, 1 mM DTT-17, 1 mM magnesium sulfate-18, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-19, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-20, 100 mM sodium chloride-21, 50 mM sodium phosphate-22, 1 mM DTT-23, 1 mM magnesium sulfate-24, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-25, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-26, 100 mM sodium chloride-27, 50 mM sodium phosphate-28, 1 mM DTT-29, 1 mM magnesium sulfate-30, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-31, 0.4-0.6 mM 5'-CUUUA-3'-32, 100 mM sodium chloride-33, 50 mM sodium phosphate-34, 1 mM DTT-35, 1 mM magnesium sulfate-36, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-37, 0.4-0.6 mM 5'-CUUUA-3'-38, 100 mM sodium chloride-39, 50 mM sodium phosphate-40, 1 mM DTT-41, 1 mM magnesium sulfate-42, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2N1O PIN1 WW domain in complex with a phosphorylated CPEB1 derived peptide 提交 2015-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 206–213（8 aa） 片段：UNP residues 206-213
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；285 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM Pin1, 3 mM CPEB1, 10 % [U-100% 2H] D2O, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 130 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPEB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–65； UniProt 504–566

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2m13

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2m13
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2m13
沉积日期 deposition_date2012-11-14
结构标题 titleThe ZZ domain of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1)
关键词 keywordsZinc-binding protein, ZZ motif, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.15 Å
零角强度 I(0) i0433539000.00
分子量 molecular_weight157430.0 kDa
排除体积 excluded_volume189190 ų
包络体积 envelope_volume41819 ų
水化壳体积 shell_volume18120 ų
包络直径 envelope_diameter64.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.06 Å
包络 Rg envelope_rg20.62 Å
形状 Rg shape_rg14.16 Å
总 Rg total_rg14.49 Å
总原子数 total_atoms20800
残基数 n_residues1300
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.5 Å
Rg (实空间) rg_real14.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal433500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7327
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.3 Å
偏度 Skewness skewness0.562
峰度 Kurtosis kurtosis-0.118
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha149700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.451; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.170; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2m13A00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology640 — 30s Ribosomal Protein S18
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)