2m41

Solution Structure of the AXH domain of Ataxin-1 in complex with ligand peptide from Capicua

Method: SOLUTION NMR Dmax: 58.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein capicua homolog

物种未注明

UniProt Q96RK0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 34–48 片段:Ataxin-1-binding linear motif (UNP 34-48) Ataxin-1 × 1 (P54253) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 ambient NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CIC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–15; UniProt 34–48

Ataxin-1

Homo sapiens

UniProt P54253

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 566–688 片段:AXH domain, native residues A567-K689 Protein capicua homolog × 1 (Q96RK0) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 ambient NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 15N] Ataxin-1 AXH domain, 0.6 mM CIC polypeptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATX1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–126; UniProt 566–688

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2m41

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2m41
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2m41
沉积日期 deposition_date2013-01-28
结构标题 titleSolution Structure of the AXH domain of Ataxin-1 in complex with ligand peptide from Capicua
关键词 keywordsprotein/protein, Ataxin-1 AXH-CIC complex, TRANSCRIPTION REGULATOR; TRANSCRIPTION REGULATOR
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.68
零角强度 I(0) i0671734000.00
分子量 molecular_weight228350.0 kDa
排除体积 excluded_volume288900 ų
包络体积 envelope_volume29530 ų
水化壳体积 shell_volume15197 ų
包络直径 envelope_diameter60.7
壳层 Rg shell_rg22.41
包络 Rg envelope_rg17.04
形状 Rg shape_rg14.67
总 Rg total_rg14.91
总原子数 total_atoms32070
残基数 n_residues2070
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.3
Rg (实空间) rg_real15.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real6.7170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal671700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8105
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.7
偏度 Skewness skewness0.222
峰度 Kurtosis kurtosis-0.336
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha446900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.583; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.783; Smooth: 1.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)