2m5s

High-resolution NMR structure and cryo-EM imaging support multiple functional roles for the accessory I-domain of phage P22 coat protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 54.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

Enterobacteria phage P22

UniProt P26747

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 223–345 片段:;This domain has previously been called the 'extra-density domain' and 'telokin-like domain' in the literature based on cryo-EM models ; 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;310.15 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 ambient NMR样品组成:1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 1% H2O/99% D2O | 1% H2O/99% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VG05_BPP22
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–130; UniProt 223–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2m5s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2m5s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2m5s
沉积日期 deposition_date2013-03-05
结构标题 titleHigh-resolution NMR structure and cryo-EM imaging support multiple functional roles for the accessory I-domain of phage P22 coat protein
关键词 keywordstelokin-like domain, extra-density domain, D-loop, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.93
零角强度 I(0) i02158750000.00
分子量 molecular_weight390740.0 kDa
排除体积 excluded_volume487730 ų
包络体积 envelope_volume34898 ų
水化壳体积 shell_volume16489 ų
包络直径 envelope_diameter66.1
壳层 Rg shell_rg23.89
包络 Rg envelope_rg18.70
形状 Rg shape_rg14.91
总 Rg total_rg15.14
总原子数 total_atoms55080
残基数 n_residues3720
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.6
Rg (实空间) rg_real15.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real2.1590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2159000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7727
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.0
偏度 Skewness skewness0.305
峰度 Kurtosis kurtosis-0.224
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha313400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2m5sA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily240

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)