SAXSdb — 2mgw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Next to BRCA1 gene 1 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 913–959	片段：UNP residues 913-959	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.6；298 K；压力 ambient NMR样品组成：20 mM potassium phosphate-1, 5 mM potassium chloride-2, 1 mM EDTA-3, 1 mM benzamidine-4, 1 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-7, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：20 mM potassium phosphate-8, 5 mM potassium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 1 mM benzamidine-11, 1 mM DTT-12, 0.02 % sodium azide-13, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-14, 12.5 mg/mL Pf1 phage-15, 150 mM sodium chloride-16, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2MGW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WJ6 Solution structure of RSGI RUH-024, a PB1 domain in human cDNA, KIAA0049 提交 2004-05-29	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–88（88 aa）片段：PB1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1.15mM PB1 domain U-15N,13C; 20mM Tris-HCl buffer (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2BKF Structure of the PB1 domain of NBR1 提交 2005-02-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–85（85 aa）片段：RESIDUES 1-85 (PB1 INTERACTION DOMAIN)	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.1；1.6 M AMMONIUM SULFATE,0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.1	分辨率 1.56 Å R-free 0.226
2CP8 Solution structure of the RSGI RUH-046, a UBA domain from human Next to BRCA1 gene 1 protein (KIAA0049 protein) R923H variant 提交 2005-05-19	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 916–956（41 aa）片段：UBA	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 2.62mM RSGI RUH-046 U-13C, 15N; 20mM Tris-HCl U-2H, 100mM NaCl, 1mM DTT U-2H, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2G4S Anomalous substructure of NBR1PB1 提交 2006-02-22	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–85（85 aa）片段：PB1 domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.323
2L8J GABARAPL-1 NBR1-LIR complex structure 提交 2011-01-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 726–738（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] GABARAPL-1, 0.9 mM NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.9 mM GABARAPL-1, 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] NBR1-LIR, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 4.6 mM sodium azide, 1 mM protease inhibitor cocktail, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MJ5 Structure of the UBA Domain of Human NBR1 in Complex with Ubiquitin 提交 2013-12-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 913–959（47 aa）片段：UNP residues 916-959	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-1, 5 mM potassium chloride-2, 1 mM EDTA-3, 1 mM benzamidine-4, 1 mM DTT-5, 0.02 % sodium azide-6, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-7, 95 % H2O-8, 5 % D2O-9, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-10, 5 mM potassium chloride-11, 1 mM EDTA-12, 1 mM benzamidine-13, 1 mM DTT-14, 0.02 % sodium azide-15, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-16, 12.5 mg/mL Pf1 phage-17, 150 mM sodium chloride-18, 95 % H2O-19, 5 % D2O-20, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-21, 2 mM Ubiquitin-22, 12.5 mg/mL Pf1 phage-23, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 20 mM potassium phosphate-24, 5 mM potassium chloride-25, 1 mM EDTA-26, 1 mM benzamidine-27, 1 mM DTT-28, 0.02 % sodium azide-29, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1 residues 913-959-30, 12.5 mg/mL Pf1 phage-31, 150 mM sodium chloride-32, 95 % H2O-33, 5 % D2O-34, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NBR1_UBA-35, 2 mM Ubiquitin-36, 12.5 mg/mL Pf1 phage-37, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2 mM NBR1_UBA-38, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-39, 12.5 mg/mL Pf1 phage-40, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NBR1_UBA-41, 4.5 mM Ubiquitin-42, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188
4OLE Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution 提交 2014-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485 链 B 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485 链 C 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485 链 D 365–485（121 aa）片段：UNP residues 365-485	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 28 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.33；277 K；2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.52 Å R-free 0.188

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NBR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–52； UniProt 913–959

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2mgw
沉积日期 deposition_date	2013-11-09
结构标题 title	Solution Structure of the UBA Domain of Human NBR1
关键词 keywords	autophagy, protein degradation, ubiquitin binding, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.11 Å
零角强度 I(0) i0	201497000.00
分子量 molecular_weight	117900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147080 Å³
包络体积 envelope_volume	14713 Å³
水化壳体积 shell_volume	9821 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.4 Å
壳层 Rg shell_rg	18.62 Å
包络 Rg envelope_rg	14.29 Å
形状 Rg shape_rg	11.09 Å
总 Rg total_rg	11.38 Å
总原子数 total_atoms	16560
残基数 n_residues	1040
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	30.1 Å
Rg (实空间) rg_real	10.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6731
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	14.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.099
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.287
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.9570
最高正则化参数 α highest_alpha	29360.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.946; Stabil: 0.973; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2mgwa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

结构域编号 domain_id	d2mgwa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2mgwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Next to BRCA1 gene 1 protein
分子量 formula_weight	5918.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16560

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Solution Structure of the UBA Domain of Human NBR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Next to BRCA1 gene 1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/mg/2mgw/2mgw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mg/2mgw/2mgw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mg/2mgw/2mgw.dat