SAXSdb — 2mkk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 219–430	片段：UNP residues 219-430	;RNA (5'-R(UPUPUPUP*A)-3') ; × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] CPEB1RRM12-1, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-2, 100 mM sodium chloride-3, 50 mM sodium phosphate-4, 1 mM DTT-5, 1 mM magnesium sulfate-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-7, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-8, 100 mM sodium chloride-9, 50 mM sodium phosphate-10, 1 mM DTT-11, 1 mM magnesium sulfate-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-13, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-14, 100 mM sodium chloride-15, 50 mM sodium phosphate-16, 1 mM DTT-17, 1 mM magnesium sulfate-18, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-19, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-20, 100 mM sodium chloride-21, 50 mM sodium phosphate-22, 1 mM DTT-23, 1 mM magnesium sulfate-24, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-25, 0.4-0.6 mM 5'-UUUUA-3'-26, 100 mM sodium chloride-27, 50 mM sodium phosphate-28, 1 mM DTT-29, 1 mM magnesium sulfate-30, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1RRM12-31, 0.4-0.6 mM 5'-CUUUA-3'-32, 100 mM sodium chloride-33, 50 mM sodium phosphate-34, 1 mM DTT-35, 1 mM magnesium sulfate-36, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1RRM12-37, 0.4-0.6 mM 5'-CUUUA-3'-38, 100 mM sodium chloride-39, 50 mM sodium phosphate-40, 1 mM DTT-41, 1 mM magnesium sulfate-42, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2MKK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M13 The ZZ domain of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) 提交 2012-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 504–566（63 aa）片段：ZZ domain of CPEB1	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1-ZZ G-P-504, 20 mM TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1-ZZ T498S, 50 mM potassium phosphate, 200 mM potassium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MKE Solution structure of CPEB1 ZZ domain in the free state 提交 2014-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 426–486（61 aa）片段：UNP residues 426-486	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 0.4-0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CPEB1ZZ-1, 0.4-0.6 mM [U-100% 15N] CPEB1ZZ-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MKH Solution structure of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) in free state 提交 2014-02-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 219–434（216 aa）片段：UNP residues 219-434	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 100 mM sodium chloride-1, 1 mM DTT-2, 1 mM magnesium sulphate-3, 50 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N1O PIN1 WW domain in complex with a phosphorylated CPEB1 derived peptide 提交 2015-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 206–213（8 aa）片段：UNP residues 206-213	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM Pin1, 3 mM CPEB1, 10 % [U-100% 2H] D2O, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 130 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPEB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–213； UniProt 219–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2mkk
沉积日期 deposition_date	2014-02-07
结构标题 title	Structural model of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) in complex with RNA
关键词 keywords	;CPEB1, RNA recognition motif (RRM), Cytoplasmic polyadenylation, Protein-RNA Interaction, Translation regulation, TRANSLATION REGULATOR-RNA complex ;; TRANSLATION REGULATOR/RNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.66 Å
零角强度 I(0) i0	917105000.00
分子量 molecular_weight	254040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	317040 Å³
包络体积 envelope_volume	63841 Å³
水化壳体积 shell_volume	25021 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.30 Å
包络 Rg envelope_rg	21.01 Å
形状 Rg shape_rg	18.62 Å
总 Rg total_rg	19.01 Å
总原子数 total_atoms	35320
残基数 n_residues	2180
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	917100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8398
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.279
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1
分子量 formula_weight	23930.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	35320

MTWSGQLPPRNYKNPIYSCKVFLGGVPWDITEAGLVNTFRVFGSLSVEWPGKDGKHPRCPPKGYVYLVFELEKSVRSLLQACSHDPLSPDGLSEYYFKMSSRRMRCKEVQVIPWVLADSNFVRSPSQRLDPSRTVFVGALHGMLNAEALAAILNDLFGGVVYAGIDTDKHKYPIGSGRVTFNNQRSYLKAVSAAFVEIKTTKFTKKVQIDPYL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPUPUPUP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	1508.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

UUUUA

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2mkkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/mk/2mkk/2mkk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mk/2mkk/2mkk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mk/2mkk/2mkk.dat

Structural model of tandem RRM domains of cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 (CPEB1) in complex with RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)