SAXSdb — 2mtz

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative L,D-transpeptidase YkuD

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 1	intact bacterial peptidoglycan × 6 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YKUD_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–167； UniProt 2–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2mtz
沉积日期 deposition_date	2014-09-02
结构标题 title	Haddock model of Bacillus subtilis L,D-transpeptidase in complex with a peptidoglycan hexamuropeptide
关键词 keywords	Transpeptidase, Peptidoglycan Biosynthesis, TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN complex; TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	SOLID-STATE NMR

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2mtz__assembly_1__model_4

Assembly 1 · Model 4 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2mtz__assembly_1__model_4 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2mtz__assembly_1__model_4 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.25 Å
Rg（电子密度）	17.01 Å
总 Rg	18.18 Å
原子数	1661
残基数	175
排除体积	29768 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2mtz__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`2mtz__assembly_1__model_2`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`2mtz__assembly_1__model_3`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`2mtz__assembly_1__model_4`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`2mtz__assembly_1__model_5`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative L,D-transpeptidase YkuD
分子量 formula_weight	18960.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8305

GRKLLTYQVKQGDTLNSIAADFRISTAALLQANPSLQAGLTAGQSIVIPGLPDPYTIPYHIAVSIGAKTLTLSLNNRVMKTYPIAVGKILTQTPTGEFYIINRQRNPGGPFGAYWLSLSKQHYGIHGTNNPASIGKAVSKGCIRMHNKDVIELASIVPNGTRVTINRGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	intact bacterial peptidoglycan
分子量 formula_weight	461.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G

AEKA

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid ;
分子量 formula_weight	2888.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2mtzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	350 — Membrane-bound Lytic Murein Transglycosylase D; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — LysM domain

结构域编号 domain_id	2mtzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	440 — L,D-transpeptidase catalytic domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — L,D-transpeptidase catalytic domain-like

▶

Haddock model of Bacillus subtilis L,D-transpeptidase in complex with a peptidoglycan hexamuropeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative L,D-transpeptidase YkuD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2mtz__assembly_1__model_4

2mtz__assembly_1__model_4 | I(q)

2mtz__assembly_1__model_4 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)