SAXSdb — 2mvf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

Chaetomium thermophilum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 168–261	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；280 K；离子强度（mmCIF原始值）5；压力 ambient NMR样品组成：10 % D2O, 10 mM TRIS, 90 % H2O, 5 mM sodium chloride, 1 uM DSS, 2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2MVF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8I9T Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Dbp10-1 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8I9V Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Dbp10-2 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9W Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Dbp10-3 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9X Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-1 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8I9Y Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-2 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9Z Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Spb4 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8IA0 Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：64-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8PV1 Chaetomium thermophilum pre-60S State 6 - pre-5S rotation - L1 intermediate - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.56 Å
8PV2 Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
8PV3 Chaetomium thermophilum pre-60S State 9 - pre-5S rotation - immature H68/H69 - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8PV4 Chaetomium thermophilum pre-60S State 2 - pre-5S rotation with Rix1 complex - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：66-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8PV5 Chaetomium thermophilum pre-60S State 8 - pre-5S rotation without Foot - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8PV6 Chaetomium thermophilum pre-60S State 3 - post-5S rotation with Rix1 complex with Foot - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：64-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8PV7 Chaetomium thermophilum pre-60S State 1 - pre-5S rotation (Arx1/Nog2 state) - Composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.12 Å
8PV8 Chaetomium thermophilum pre-60S State 4 - post-5S rotation with Rix1 complex without Foot - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8PVK Chaetomium thermophilum pre-60S State 5 - pre-5S rotation - L1 inward - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
8PVL Chaetomium thermophilum pre-60S State 7 - pre-5S rotation lacking Utp30/ITS2 - composite structure 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric	链 CK 1–261（261 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S081_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–94； UniProt 168–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2mvf
沉积日期 deposition_date	2014-10-02
结构标题 title	Structural insight into an essential assembly factor network on the pre-ribosome
关键词 keywords	RIBOSOME BIOGENESIS, RIBOSOMAL PROTEIN; RIBOSOMAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.04 Å
零角强度 I(0) i0	537786000.00
分子量 molecular_weight	205900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262390 Å³
包络体积 envelope_volume	30479 Å³
水化壳体积 shell_volume	15486 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.61 Å
包络 Rg envelope_rg	17.14 Å
形状 Rg shape_rg	14.04 Å
总 Rg total_rg	14.25 Å
总原子数 total_atoms	29700
残基数 n_residues	1880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.6 Å
Rg (实空间) rg_real	14.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	537800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7373
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.388
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.005
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	232000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.543; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	10318.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29700

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/mv/2mvf/2mvf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mv/2mvf/2mvf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mv/2mvf/2mvf.dat

Structural insight into an essential assembly factor network on the pre-ribosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)