8ia0

Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 254.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ia0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ia0
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8ia0
沉积日期 deposition_date2023-02-07
结构标题 titleCryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6
关键词 keywordsRibosome, Ribosome biogenesis, pre-60S ribosome; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier95.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron97.63
零角强度 I(0) i0155069000000.00
分子量 molecular_weight2588000.0 kDa
排除体积 excluded_volume2920700 ų
包络体积 envelope_volume5245800 ų
水化壳体积 shell_volume420630 ų
包络直径 envelope_diameter365.7
壳层 Rg shell_rg106.80
包络 Rg envelope_rg97.42
形状 Rg shape_rg97.77
总 Rg total_rg97.32
总原子数 total_atoms177631
残基数 n_residues17086
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax254.2
Rg (实空间) rg_real91.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real1.4800e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8960e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal96.32
I(0) (倒空间) i0_reciprocal155200000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9099
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary111.2
偏度 Skewness skewness0.204
峰度 Kurtosis kurtosis-0.477
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.6733
最高正则化参数 α highest_alpha9910000000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.990; Stabil: 0.967; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (67)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)