SAXSdb — 2nbu

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UV excision repair protein RAD23

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–78	片段：residues 1-78	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成：0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] shuttling protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] shuttling protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2NBU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1X3W Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex 提交 2005-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 238–309（72 aa）片段：XPC binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；sodium chloride, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
1X3Z Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex 提交 2005-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 238–309（72 aa）片段：XPC binding domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；sodium chloride, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.270
2NBW Solution structure of the Rpn1 T1 site with the Rad23 UBL domain 提交 2016-03-14	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–78（78 aa）片段：residues 1-78	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.04-1.2 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.04-0.6 mM protein_1, 0.3 mM [U-100% 15N] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] protein_1, 0.6 mM protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.6 mM protein_1, 0.6 mM [U-13C] protein_2, 50 mM HEPES, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 0.1 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2QSF Crystal structure of the Rad4-Rad23 complex 提交 2007-07-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 230–398（169 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM sodium phosphate, 8% (w/v) PEG 2000, 2 mM dithiothreitol, pH 6.5, hanging-drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.35 Å R-free 0.245
2QSG Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a UV-damaged DNA 提交 2007-07-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 230–398（169 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM bis-tris propane, 100mM sodium chloride, 6% (v/v) isopropanol, 14 mM calcium chloride and 5 mM dithiothreitol, pH 6.8, hanging-drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.10 Å R-free 0.277
2QSH Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a mismatch DNA 提交 2007-07-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 230–398（169 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM bis-tris propane, 100 mM sodium chloride, 15% (v/v) isopropanol, 10 mM calcium chloride and 5 mM dithiothreitol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.244
3ESW Complex of yeast PNGase with GlcNAc2-IAc. 提交 2008-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 254–308（55 aa）片段：XPCB Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 and 2.0 M sodium chloride, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 3.40 Å R-free 0.235
3M62 Crystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL) domain of Rad23 提交 2010-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–84（84 aa）片段：UNP residues 1-84, Ubiquitin-like domain	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16-18% PEG 3500 200 mM Tripotassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
4YIR Crystal structure of Rad4-Rad23 crosslinked to an undamaged DNA 提交 2015-03-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 230–398（169 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50mM BTP-HCl, 100mM NaCl, 14% isopropanol and 100mM calcium chloride	分辨率 3.05 Å R-free 0.253
6CFI Crystal structure of Rad4-Rad23 bound to a 6-4 photoproduct UV lesion 提交 2018-02-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 230–398（169 aa）片段：residues 230-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；bis-tris propane 5 mM sodium chloride 100 mM 1-propanol 14% spermidine-HCl 5 mM dithiothreitol 5 mM	分辨率 3.36 Å R-free 0.268
6UBF Role of Beta-hairpin motifs in the DNA duplex opening by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex 提交 2019-09-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 230–398（169 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM BTP-HCl, 150 mM sodium chloride, 12% isopropanol	分辨率 4.60 Å R-free 0.356
6UG1 Sequence impact in DNA duplex opening by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex 提交 2019-09-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 256–311（56 aa）片段：UNP residues 256-311	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM BTP-HCl, 150 mM sodium chloride, 12% isopropanol, 100 mM calcium chloride	分辨率 2.83 Å R-free 0.272
6UIN Role of Beta-hairpin motifs in the DNA duplex opening by the Rad4/XPC nucleotide excision repair complex 提交 2019-10-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 X 230–398（169 aa）片段：UNP residues 230-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；50 mM BTP-HCl, 200 mM sodium chloride, 12% isopropanol, 100 mM calcium chloride	分辨率 3.35 Å R-free 0.262

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD23_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nbu
沉积日期 deposition_date	2016-03-12
结构标题 title	Solution structure of the Rad23 ubiquitin-like (UBL) domain
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.96 Å
零角强度 I(0) i0	391704000.00
分子量 molecular_weight	173680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	220570 Å³
包络体积 envelope_volume	19653 Å³
水化壳体积 shell_volume	11827 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.11 Å
包络 Rg envelope_rg	15.29 Å
形状 Rg shape_rg	11.91 Å
总 Rg total_rg	12.32 Å
总原子数 total_atoms	24940
残基数 n_residues	1560
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.2 Å
Rg (实空间) rg_real	12.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	391700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7912
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	0.220
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	126400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.433; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.997

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2nbua_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2nbuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	UV excision repair protein RAD23
分子量 formula_weight	11039.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24940

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/nb/2nbu/2nbu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nb/2nbu/2nbu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nb/2nbu/2nbu.dat

Solution structure of the Rad23 ubiquitin-like (UBL) domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UV excision repair protein RAD23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)