2np0

Crystal structure of the Botulinum neurotoxin type B complexed with synaptotagamin-II ectodomain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 140.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type B

物种未注明

UniProt P10844

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1290 未记录 Synaptotagmin-2 × 1 (P46097) ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;297 K;0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K 分辨率 2.62 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1290 未记录 Synaptotagmin-2 × 2 (P46097) ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;297 K;0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K 分辨率 2.62 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BXB_CLOBO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1290; UniProt 1–1290

Synaptotagmin-2

Mus musculus

UniProt P46097

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 40–60 片段:Vesicular (Residues 1-60) Botulinum neurotoxin type B × 1 (P10844) ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;297 K;0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K 分辨率 2.62 Å R-free 0.227
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 40–60 片段:Vesicular (Residues 1-60) Botulinum neurotoxin type B × 2 (P10844) ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;297 K;0.4 M (NH4)2SO4, 0.9 M Li2SO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K 分辨率 2.62 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYT2_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–21; UniProt 40–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2np0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2np0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2np0
沉积日期 deposition_date2006-10-26
结构标题 titleCrystal structure of the Botulinum neurotoxin type B complexed with synaptotagamin-II ectodomain
关键词 keywordsBOTULINUM, NEUROTOXIN, SYNAPTOTAGAMIN, RECEPTOR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.78
零角强度 I(0) i0324434000.00
分子量 molecular_weight152650.0 kDa
排除体积 excluded_volume193110 ų
包络体积 envelope_volume248410 ų
水化壳体积 shell_volume52390 ų
包络直径 envelope_diameter153.3
壳层 Rg shell_rg44.27
包络 Rg envelope_rg40.63
形状 Rg shape_rg40.79
总 Rg total_rg40.90
总原子数 total_atoms10776
残基数 n_residues1304
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax140.8
Rg (实空间) rg_real41.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real3.2440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal324400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8518
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.7
偏度 Skewness skewness0.467
峰度 Kurtosis kurtosis-0.270
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58790000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.861; Smooth: 0.735

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2np0a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain
结构域编号 domain_idd2np0a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.4 — STI-like
家族 Family familyb.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2np0a3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.7 — Clostridium neurotoxins, catalytic domain
结构域编号 domain_idd2np0a4
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.4.2 — Clostridium neurotoxins, 'coiled-coil' domain
家族 Family familyh.4.2.1 — Clostridium neurotoxins, 'coiled-coil' domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2np0A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like
结构域编号 domain_id2np0A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain
结构域编号 domain_id2np0A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id2np0A04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)