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2ntf

Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

物种未注明

UniProt Q0VDX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 20–230 未记录 Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain × 1 （Q99LC4） OHM 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00 分辨率 3.18 Å R-free 0.265
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–230 未记录 Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain × 1 （Q99LC4） OHM 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00 分辨率 3.18 Å R-free 0.265
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–230 链 L； UniProt 20–230 未记录 Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain × 2 （Q99LC4） OHM 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00 分辨率 3.18 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q0VDX6_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–211； UniProt 20–230 作者链 L； PDB构建体 1–211； UniProt 20–230

Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

物种未注明

UniProt Q99LC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 20–239 未记录 Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain × 1 （Q0VDX6） OHM 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00 分辨率 3.18 Å R-free 0.265
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 20–239 未记录 Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain × 1 （Q0VDX6） OHM 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00 分辨率 3.18 Å R-free 0.265
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 20–239 链 H； UniProt 20–239 未记录 Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain × 2 （Q0VDX6） OHM 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；298 K；1.0M Na/K Tartrate, 0.2M NaCl, 0.1 Imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 8.00 分辨率 3.18 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2NTF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AFV HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3 提交 1997-03-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 20–238（219 aa） 片段：LIGHT CHAIN RESIDUES 1 - 217, HEAVY CHAIN RESIDUES 1 - 220
链 K 20–238（219 aa） 片段：LIGHT CHAIN RESIDUES 1 - 217, HEAVY CHAIN RESIDUES 1 - 220
未记录 PB LEAD (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；16% PEG 3350, 50 MM BISTRIS-HCL, PH 7.0, 0.1% BETA-OCTYLGLUCOSIDE, 1 MM NAN3
分辨率 3.70 Å R-free 0.324
3HKF Murine unglycosylated IgG Fc fragment 提交 2009-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 252–463（212 aa） 片段：UNP residues 252-463
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；2-ethoxyethanol, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.305
5MP3 Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 30-mer tau peptide at pH 6.5 提交 2016-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 21–239（219 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate
分辨率 2.75 Å R-free 0.249
5MP3 Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 30-mer tau peptide at pH 6.5 提交 2016-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 21–239（219 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate
分辨率 2.75 Å R-free 0.249
6C5H S25-5 Fab in complex with Chlamydiaceae-specific LPS antigen 提交 2018-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 126–239（114 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289.15 K；0.1 M BIS-Tris HCl 25% [w/v] polyethylene glycol [PEG] 3350
分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6C5I Unliganded S25-5 Fab 提交 2018-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 126–239（114 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289.15 K；0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, 20% [w/v] PEG 2000 MME
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
6C5J S25-23 Fab in complex with Chlamydiaceae LPS (Crystal form 1) 提交 2018-01-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 126–239（114 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289.15 K；0.1 M MES, 20% [w/v] polyethylene glycol [PEG] 10000
分辨率 2.29 Å R-free 0.239
6C5K S25-23 Fab in complex with Chlamydiaceae LPS (Crystal form 2) 提交 2018-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 126–239（114 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Potassium nitrate, 20% [w/v] polyethylene glycol 3350
分辨率 1.75 Å R-free 0.218
6C5K S25-23 Fab in complex with Chlamydiaceae LPS (Crystal form 2) 提交 2018-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 126–239（114 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M Potassium nitrate, 20% [w/v] polyethylene glycol 3350
分辨率 1.75 Å R-free 0.218

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q99LC4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–222； UniProt 20–239 作者链 H； PDB构建体 1–222； UniProt 20–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ntf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ntf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ntf
沉积日期 deposition_date2006-11-07
结构标题 titleCrystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog
关键词 keywordsImmunoglobulin, antibody, Fab, hapten complex, quorum sensing, homoserine lactone, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.97 Å
零角强度 I(0) i0142557000.00
分子量 molecular_weight94330.0 kDa
排除体积 excluded_volume117770 ų
包络体积 envelope_volume150990 ų
水化壳体积 shell_volume41508 ų
包络直径 envelope_diameter110.4 Å
壳层 Rg shell_rg37.76 Å
包络 Rg envelope_rg29.57 Å
形状 Rg shape_rg29.94 Å
总 Rg total_rg30.77 Å
总原子数 total_atoms6652
残基数 n_residues840
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.8 Å
Rg (实空间) rg_real30.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8779
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.7 Å
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25850000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.979
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2ntfa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2ntfa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2ntfb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2ntfh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2ntfl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2ntfl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2ntfA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2ntfL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)