2ntf

Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain × 1 （Q99LC4） 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain × 1 （Q99LC4） 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain × 2 （Q99LC4） 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0VDX6_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–211； UniProt 20–230 作者链 L； PDB构建体 1–211； UniProt 20–230

Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

物种未注明

UniProt Q99LC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain × 1 （Q0VDX6） 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain × 1 （Q0VDX6） 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain × 2 （Q0VDX6） 3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q99LC4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–222； UniProt 20–239 作者链 H； PDB构建体 1–222； UniProt 20–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ntf
沉积日期 deposition_date	2006-11-07
结构标题 title	Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog
关键词 keywords	Immunoglobulin, antibody, Fab, hapten complex, quorum sensing, homoserine lactone, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ntf__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ntf__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ntf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.94 Å
Rg（电子密度）	23.98 Å
总 Rg	24.85 Å
原子数	3326
残基数	433
排除体积	58884 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ntf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ntf__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ntf__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain
分子量 formula_weight	22840.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A
原子数 atom_count	6652

QAVVTQESALTTSPGETVTLTCRSSTGAVTTRNYANWVQEKPDHFFTGLIGDTNNRAPGVPARFSGSLIGHKAALTITGAQTEDESVYFCALWYSNHWVFGGGTKLTVLGQPKSSPSVTLFPPSSEELETNKATLVCTITDFYPGVVTVDWKVDGTPVTQGMETTQPSKQSNNKYMASSYLTLTAGAWERHSSYSCQVTHEGHTVEKSLSR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain
分子量 formula_weight	24082.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B

QVQLQQSGSELVRPGASVKLSCKASGYTFTTYWIHWVKQRPGQGLEWIGTIYPGSDNTYYDEKFKNKATLTVDTSSSTAFMQLSSLTSEDSAVYFCTRGSLYYNNYGWFGYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSNAASQSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLTSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-OXO-N-[(3S)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]DODECANAMIDE
分子量 formula_weight	296.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2ntfa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ntfa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ntfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ntfh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ntfl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2ntfl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2ntfA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2ntfL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	118.659 Å
晶胞边长 b length_b	118.659 Å
晶胞边长 c length_c	176.042 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.180 Å
最低分辨率 resolution_low	44.020 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2650

Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ntf__assembly_2__model_1

2ntf__assembly_2__model_1 | I(q)

2ntf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of a Quorum-Quenching Antibody in Complex with an N-Acyl-L-Homoserine Lactone Analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ntf__assembly_2__model_1

2ntf__assembly_2__model_1 | I(q)

2ntf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)