2nyj

Crystal structure of the ankyrin repeat domain of TRPV1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 101–364	片段：ankyrin repeart domain, residues 101-365 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.033MM PROTEIN, 5% PEG8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2NYJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PNN Crystal Structure of the Ankyrin Repeat Domain of Trpv1 提交 2007-04-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–364（264 aa）片段：Ankyrin Repeat Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；3% PEG 8000, 0.1M SODIUM CITRATE, 5MM ATP, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 5.00	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
3J5P Structure of TRPV1 ion channel determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 3.27 Å
3J5Q Structure of TRPV1 ion channel in complex with DkTx and RTX determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2013-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999 链 G 111–719（609 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 3.80 Å
3J5R Reconstruction of TRPV1 ion channel in complex with capsaicin by single particle cryo-microscopy 提交 2013-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 626–718（93 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP；pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 Blot for 6 sec；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)	分辨率 4.20 Å
3J9J Structure of the capsaicin receptor, TRPV1, determined by single particle electron cryo-microscopy 提交 2015-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 111–603（493 aa）片段：SEE REMARK 999 链 D 627–719（93 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
3SUI Crystal structure of ca2+-calmodulin in complex with a trpv1 c-terminal peptide 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 767–801（35 aa）片段：Unp residues 767-801	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M MES PH6.0, 2.2-2.8M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.248
5IRX Structure of TRPV1 in complex with DkTx and RTX, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 A 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764	未记录	6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 8 6EU resiniferatoxin × 4 6O9 (2S)-2-(acetyloxy)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}propyl pentanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 2.95 Å
5IRZ Structure of TRPV1 determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764	未记录	6O8 (4R,7S)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(pentanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphatetradecan-1-aminium × 4 6ES (2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4S,5S,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(pentanoyloxy)propan-2-yl decanoate × 4 6OE (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 3.28 Å
5IS0 Structure of TRPV1 in complex with capsazepine, determined in lipid nanodisc 提交 2016-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 B 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 C 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 D 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 110–603（494 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764 链 E 627–764（138 aa）片段：UNP residues 110-603, 627-764	未记录	6ET capsazepine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 3.43 Å
7L2H Cryo-EM structure of unliganded full-length TRPV1 at neutral pH 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XJD (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7L2I Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6a state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	XJA (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7L2J Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6c state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
7L2K Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at pH6b state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
7L2L Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in O1 state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
7L2M Cryo-EM structure of DkTx/RTX-bound full-length TRPV1 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
7L2N Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C1 state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
7L2O Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 at pH 5.5 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
7L2P cryo-EM structure of unliganded minimal TRPV1 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7L2R Cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-open state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7L2S cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 at the pre-bound state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
7L2T cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in partial open state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1 65I (9R,12R)-15-amino-12-hydroxy-6,12-dioxo-7,11,13-trioxa-12lambda~5~-phosphapentadecan-9-yl undecanoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
7L2U cryo-EM structure of DkTx-bound minimal TRPV1 in open state 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 XKP (11R,14S)-17-amino-14-hydroxy-8,14-dioxo-9,13,15-trioxa-14lambda~5~-phosphaheptadecan-11-yl decanoate × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7L2V cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state b 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 XPS 6-deoxy-6-(methylamino)-D-galactitol × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.82 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
7L2W cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state a 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.82 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
7L2X cryo-EM structure of RTX-bound minimal TRPV1 with NMDG at state c 提交 2020-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 XPJ 1-deoxy-1-(methylamino)-D-allitol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.82 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
7LP9 Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	T7X Phosphatidylinositol × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 28 NA SODIUM ION × 2 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7LPA Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 4 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7LPB Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 25 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
7LPC Cryo-EM structure of full-length TRPV1 at 48 degrees Celsius 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 24 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 T7X Phosphatidylinositol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
7LPD Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an intermediate state, class 2 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
7LPE Cryo-EM structure of full-length TRPV1 with capsaicin at 48 degrees Celsius, in an open state, class 1 提交 2021-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 4 4DY (6E)-N-(4-hydroxy-3-methoxybenzyl)-8-methylnon-6-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
7MZ5 Cryo-EM structure of RTX-bound full-length TRPV1 in C2 state 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–838（837 aa）链 B 2–838（837 aa）链 C 2–838（837 aa）链 D 2–838（837 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
7MZ6 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 perturbed PI 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 4 6IY (10R,13S)-16-amino-13-hydroxy-7,13-dioxo-8,12,14-trioxa-13lambda~5~-phosphahexadecan-10-yl hexadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7MZ7 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 4 partially bound RTX 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
7MZ9 Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 1 partially bound RTX 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 1 XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7MZA Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in adjacent pockets 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 6EU resiniferatoxin × 2 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
7MZB Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 3 bound RTX and 1 perturbed PI 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 1 6EU resiniferatoxin × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
7MZC Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C1 state 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
7MZD Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with RTX bound in C2 state 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7MZE Cryo-EM structure of minimal TRPV1 with 2 bound RTX in opposite pockets 提交 2021-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 B 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 C 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764 链 D 110–764（655 aa）片段：UNP residues 110-764	未记录	XJ7 (2S)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1r,2R,3S,4S,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl tridecanoate × 2 NA SODIUM ION × 1 6EU resiniferatoxin × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
7RQU Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in a closed state, class I 提交 2021-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 20 YFP 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
7RQV Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an intermediate-closed state, class II 提交 2021-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7RQW Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 4 degrees Celsius, in an open state, class III 提交 2021-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
7RQX Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an intermediate-open state, class A 提交 2021-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 12 6EU resiniferatoxin × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
7RQY Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 25 degrees Celsius, in an open state, class B 提交 2021-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
7RQZ Cryo-EM structure of the full-length TRPV1 with RTx at 48 degrees Celsius, in an open state, class alpha 提交 2021-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	6EU resiniferatoxin × 4 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 8 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
8T0C TRPV1 in Nanodisc bound with lysophosphatidic acid in all four monomers 提交 2023-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8T0E TRPV1 in Nanodisc not bound with lysophosphatidic acid (apo) 提交 2023-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 B 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 C 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 D 1–838（838 aa）片段：truncated construct	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8T0Y TRPV1 in nanodisc bound with one LPA in one monomer 提交 2023-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 B 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 C 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 D 1–838（838 aa）片段：truncated construct	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 3 NA SODIUM ION × 1 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8T10 TRPV1 in nanodisc bound with two LPA molecules in opposite monomers 提交 2023-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 B 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 C 1–838（838 aa）片段：truncated construct 链 D 1–838（838 aa）片段：truncated construct	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8T3L TRPV1 in nanodisc bound with 2 LPA molecules in neighboring monomers 提交 2023-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	8IJ (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate × 2 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8T3M TRPV1 in nanodisc bound with 3 LPA molecules 提交 2023-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	85R [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{S},3~{S},5~{R},6~{S})-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 2 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8U2Z TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the dilated state 提交 2023-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8U30 TRPV1 in nanodisc bound with diC8-PIP2 in the closed state 提交 2023-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8U3A TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 1 (monomer) 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8U3C TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4 bound in Conformation 2 (monomer) 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8U3J TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 4C 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 197–753（557 aa）链 B 197–753（557 aa）链 C 197–753（557 aa）链 D 197–753（557 aa）	未记录	3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8U3L TRPV1 in nanodisc bound with empty vanilloid binding pocket at 25C 提交 2023-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8U43 TRPV1 in nanodisc bound with PIP2-Br4 提交 2023-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	V5H (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8U4D TRPV1 in nanodisc bound with PI-Br4, consensus structure 提交 2023-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–764（655 aa）链 B 110–764（655 aa）链 C 110–764（655 aa）链 D 110–764（655 aa）	未记录	VPN (2S)-2-[(9,10-dibromooctadecanoyl)oxy]-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9R,10S)-9,10-dibromooctadecanoate × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
9ISG Structure of rat TRPV1 in complex with PSFL426-S5 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	A1D92 4-azanyl-3-sulfanylidene-1,2,4-triazine-5,6-dione × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9OGK Refinement of PDB-3J5R against EMD-8117 using EMAN2 提交 2025-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9W4M ratTRPV1 bound with antagonist AMG517 提交 2025-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	A1D6R ~{N}-[4-[6-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyrimidin-4-yl]oxy-1,3-benzothiazol-2-yl]ethanamide × 4 NA SODIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9W4N Structure of rat TRPV1 in complex with SB-366791 提交 2025-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	ZEI (2E)-3-(4-chlorophenyl)-N-(3-methoxyphenyl)prop-2-enamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Hepes, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9W4T ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810 提交 2025-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–838（838 aa）链 B 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）链 D 1–838（838 aa）	未记录	A1D6W (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide × 4 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPV1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 101–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nyj
沉积日期 deposition_date	2006-11-20
结构标题 title	Crystal structure of the ankyrin repeat domain of TRPV1
关键词 keywords	TRPV1, ANKYRIN REPEAT DOMAIN, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.38 Å
零角强度 I(0) i0	13894700.00
分子量 molecular_weight	27566.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34353 Å³
包络体积 envelope_volume	41393 Å³
水化壳体积 shell_volume	17865 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.88 Å
包络 Rg envelope_rg	20.73 Å
形状 Rg shape_rg	20.40 Å
总 Rg total_rg	21.12 Å
总原子数 total_atoms	1924
残基数 n_residues	241
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8309
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.512
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.160
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3849000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.664; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2nyjA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	124.721 Å
晶胞边长 b length_b	124.721 Å
晶胞边长 c length_c	62.767 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2860

描述 description	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
分子量 formula_weight	30439.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1924

Crystal structure of the ankyrin repeat domain of TRPV1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/ny/2nyj/2nyj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ny/2nyj/2nyj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ny/2nyj/2nyj.dat