2oan

Structure of oxidized beta-actin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–375 链 D； UniProt 1–375	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, 0.1 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.61 Å R-free 0.288
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–375	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, 0.1 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.61 Å R-free 0.288
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–375	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, 0.1 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.61 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2OAN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HLU STRUCTURE OF BOVINE BETA-ACTIN-PROFILIN COMPLEX WITH ACTIN BOUND ATP PHOSPHATES SOLVENT ACCESSIBLE 提交 1997-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–375（374 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.330
2BTF THE STRUCTURE OF CRYSTALLINE PROFILIN-BETA-ACTIN 提交 1994-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–375（374 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SR STRONTIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.55 Å
3U4L Cryocooled bovine profilin:actin crystal structure to 2.4 A 提交 2011-10-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–375（375 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；277 K；1.3M KPO4, 0.5 mM ATP, 0.2 mM CaCl2, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.331
3UB5 Profilin:actin with a wide open nucleotide cleft 提交 2011-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–375（374 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；1.3M potassium phosphate pH 7.3, 0.5M ATP, 0.2M CaCl2, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.290
7PDZ Structure of capping protein bound to the barbed end of a cytoplasmic actin filament 提交 2021-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 I 1–375（375 aa）链 J 1–375（375 aa）链 K 1–375（375 aa）链 L 1–375（375 aa）链 N 1–375（375 aa）链 O 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；KMEI buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8OI6 Cryo-EM structure of the undecorated barbed end of filamentous beta/gamma actin 提交 2023-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–375（375 aa）链 B 1–375（375 aa）链 C 1–375（375 aa）链 D 1–375（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；10 mM imidazole pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2 and 1 mM EGTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.59 Å
9FJU Structure of the DNase I- and phalloidin-bound pointed end of F-actin (conformer 1) 提交 2024-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 2–375（374 aa）链 B 2–375（374 aa）链 C 2–375（374 aa）链 D 2–375（374 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；1xKMEI plus phalloidin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 seconds, force 0.	分辨率 3.84 Å
9FJY Structure of the DNase I- and phalloidin-bound pointed end of F-actin (conformer 2). 提交 2024-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 2–375（374 aa）链 B 2–375（374 aa）链 C 2–375（374 aa）链 D 2–375（374 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；1xKMEI plus phalloidin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 seconds, force 0.	分辨率 3.79 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 B； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 C； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 D； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2oan
沉积日期 deposition_date	2006-12-16
结构标题 title	Structure of oxidized beta-actin
关键词 keywords	Disulfide, Cysteine covalently modified by oxidation, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.62 Å
零角强度 I(0) i0	399998000.00
分子量 molecular_weight	159620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198030 Å³
包络体积 envelope_volume	264500 Å³
水化壳体积 shell_volume	55982 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.74 Å
包络 Rg envelope_rg	39.27 Å
形状 Rg shape_rg	39.65 Å
总 Rg total_rg	39.80 Å
总原子数 total_atoms	11177
残基数 n_residues	1431
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	400000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8979
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	59.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.552
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin, cytoplasmic 1
分子量 formula_weight	41814.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11679

MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	502

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2oana1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oana2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d2oanb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oanb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d2oanc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oanc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d2oand1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2oand2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2oanA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	2oanB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	2oanC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	2oanD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2oanD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.174 Å
晶胞边长 b length_b	222.589 Å
晶胞边长 c length_c	133.719 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.606 Å
最低分辨率 resolution_low	33.980 Å
R 因子 r_factor	0.2138
R_work r_work	0.2099
R_free r_free	0.2881

fit	/app/data/saxs_computation/oa/2oan/2oan.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/2oan/2oan.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/2oan/2oan.dat